清军虽反击消灭四百余人，但张格尔凭借雨夜掩护突破重围。此后，喀什噶尔各地的白山派信徒响应叛乱，四处抢掠。
张格尔率叛军围攻喀什噶尔，并派头目攻打英吉沙尔、叶尔羌、和田、阿克苏等地。叶尔羌地区的多个军事哨所及阿克苏以西的哨所均被焚毁。
张格尔攻陷喀什噶尔回城后，白山派信徒趁机报复，打死喀什噶尔阿奇木伯克吐鲁番札萨克郡王迈玛萨伊特。接着，他指挥叛军大规模围攻喀什噶尔满城，参赞大臣庆祥率领官兵顽强抵抗。
因久攻不下且担心伊犁援军到达，张格尔向浩罕的迈买铁里汗求援，承诺攻占四城后与其共享财富并割让喀什噶尔作为报酬。但双方关系随后紧张，迈买铁里汗攻城失败后撤退回浩罕，张格尔趁机劫走其一千多部众。和田、英吉沙尔、叶尔羌三城相继陷落，张格尔自封为“赛义德·张格尔·苏丹”，还命令拆毁四座满城的城墙、官署和民居。
道光皇帝任命长龄为扬威将军，杨遇春与武隆阿为钦差大臣参赞军务。清军在阿克苏地区集结，对张格尔的叛军展开反击。经过多次战斗，清军逐渐取得优势，收复被叛军占领的城市。
张格尔面对清军逼近，多次逃往境外又潜回境内。最终，在道光七年张格尔再次企图发动叛乱时，被清军参赞大臣杨遇春和提督杨芳率军擒获。
次年，张格尔被押解到京城，经审讯后被处以凌迟并枭首示众的极刑。清政府对叛乱的主要参与者进行了较为彻底的清算，以维护新疆地区的稳定和国家的统一。
张格尔叛乱给新疆地区带来了巨大的伤痛与破坏，历史的车轮在不断前行在这片饱经沧桑的土地上，一部具有重大意义的着作——《新疆史略》应运而生。
当硝烟渐渐散去，清政府深刻认识到对新疆地区进行全面了解和有效治理的紧迫性。此时，《新疆识略》宛如一盏明灯，为新疆的稳定与发展照亮了前行的道路。它不仅承载着对过去的反思，更是对未来新疆治理的重要指引。
《新疆识略》是一部具有重大历史价值的新疆地方志书。它由徐松撰写、伊犁将军松筠奏上，全面系统地记载了新疆的地理、政治、经济、军事、民族等方面的情况。