明清时期，中国武术技法异彩纷呈，创造了众多门派，拳种，尤其是少林拳已名扬天下。
养生术也与武术结合，内功就此形成，从而使“内外兼修”成为中国武术区别于世界其他技击术的重要特征之一。明清时期这些有关武术的着作大量出现，确立了中国武术在世界武坛的地位。
少林寺最早是北魏孝文（495 年），为安顿印度高僧跋陀，诏令在嵩山少室山北麓修建少林寺。少林寺开辟译场，佛学重镇。被尊为“禅宗祖庭”。
到了北周武帝宇文邕在位时，下令禁佛、道活动，少林寺遭重创，佛像被毁，僧众被遣散，寺院一度荒废。
直至少林寺昙宗等十三位僧人擒拿王仁则，助秦王李世民夺取辕州城，受到封赏，少林寺名声大振，习武之风代代相传。
唐高宗、武则天等皇族对少林寺恩宠有加，御书、题碑、留幡象及施物甚至亲临幸巡，少林寺逐渐成为禅学重镇。
由于佛教盛行，佛教寺院经济过分扩张损害国库收入、与普通地主存在矛盾、唐武宗崇信道教以及政治斗争等因素。唐武宗李炎进行“会昌毁佛”运动，清查天下寺院及僧侣人数，规定全国东西二都可以留寺两所，每寺留僧 30 人。
天下各节度使治所留寺一所，留僧 5 至 30 人不等；其它寺庙全部拆毁，僧尼全部还俗。
据记载，此次灭佛共拆毁寺院 4600 余所，拆除山野中的小寺庙（兰若）4 万余所。没收寺产良田数千万顷（此数存疑，可能“顷”为“亩”之讹），奴婢 15 万人，僧尼迫令还俗者共 26 万零 500 人。
元朝时期少林寺经历了从兴盛到受战乱衰落， 雪庭福裕是元初少林寺住持，重整了少林寺的下院永庆寺，恢复白马寺，建立少林寺的宗法制度，制定了七十字的传法辈份，标志着少林寺从此形成了一个子孙相继的禅院，对少林寺的传承和管理有着深远意义。
在雪庭福裕的带领和官方的支持下，吸引了众多僧人和信徒前来，成为禅宗教派的重要朝圣地，涌现出了许多优秀的僧人。庆公（慧庆），俗姓蒋，为少林寺免除捐税等事务积极奔走，还整理雪庭和尚的着述并刊刻传世，还有足庵禅师、灵隐禅师等，他们在佛法的修行和弘扬方面都有一定的贡献，推动了少林寺的发展。
元代是少林禅医大发展时期，建立了“主伤科兼修内科、儿科，医众僧兼俗疾，方为普渡众生”的僧医方针。