在为皇帝煎御药时，太医与内臣要一道监视，待药煎好后，分别倒入两杯中，一杯先由主治御医先尝，后由院判、医官、煎药太监依次饮尝，另一杯则进呈皇帝服用。这种严格的制度旨在确保皇帝用药的安全，但也增加了太医的责任和压力。
太医院药材的来源主要有四个方面，包括征收各省出产的药材、京城老店配料、地方“土贡”以及外国馈赠或海关进口。这保证了太医院有充足且优质的药材供应，能够满足宫廷医疗的需求。
清末由于社会动荡和列强入侵等原因，太医院的办公地点几经变更。光绪二十六年（1900 年）后，院址被划为俄国使馆，太医院只得借东安门内大街御医白文寿住房为公所。翌年，又移至东安门北池子街大悲观音院为公所。后来在光绪二十八年（1902 年）于地安门东大街新建署，但新署面积只有旧署的十分之一。
清朝政府比较重视医籍的整理及大型类书、丛书的编纂工作。乾隆年间在太医院成立纂修医书馆，主持编纂医书。乾隆八年（1743 年），纂修《医宗金鉴》书成，该书由太医院院判吴谦总修而成，作为医学教科书一直到清末沿用了 160 多年，对医学教育发挥了重要作用。
太医院的医官选拔严格，很多是由各地保举。他们不仅具备深厚的中医理论，还需要有丰富的临床经验。御医们要对中医经典着作《类经注释》《本草纲目》《伤寒论》等有深入的学习和理解。
太医院的医官们具有良好的文学修养，这在当时是非常重要的。因为医疗诊断过程中，需要准确地记录病情、诊断结果以及治疗方案等，良好的文学修养能够保证这些记录的准确性和规范性。
宫廷用药丰富精良，其药材来源广泛，包括征收各省出产的药材、京城老店配料、地方“土贡”以及外国馈赠或海关进口等。这些优质的药材为太医院的医疗提供了有力的物质保障，使得太医们在治疗疾病时能够使用最好的药物。
太医院拥有较为先进的医疗器具，例如针灸用的银针、诊断脉象的脉枕等，这些器具的制作工艺精湛，为太医们的诊断和治疗提供了便利。