之后，咸丰帝在太后谥号、神位等事情上的处理，强调“嫡庶有别”，同时以“失礼”名义责备奕?在办理太后丧事时礼仪有疏漏，罢免了他的军机大臣、宗令与都统等职务，但奕?仍在宫廷内办事。
咸丰八年（1858 年），英法联军攻占大沽炮台后，直扑天津，咸丰帝派人赴天津和谈，奕?反对和谈，但咸丰帝采纳了钦差大臣桂良、花沙纳等人力主妥协的意见，签订了《天津条约》。之后，奕?上奏反对该条约并提出制敌方案，未被采纳。
咸丰十年（1860 年），英法联军逼近北京，咸丰帝派怡亲王载垣与尚书穆荫为钦差大臣前去谈判，后又示意载垣扣押英国使臣巴夏礼。英法联军向通州八里桥发起总攻，清军大败，咸丰帝逃往热河，命奕?为全权钦差大臣留京议和。奕?出京居住于长辛店，上书请求整顿领兵大臣以激励士气。同年十月，英法联军劫掠并烧毁圆明园，奕?入京与英、法联军和谈，签订了中英、中法《北京条约》，随后又与俄国签订了《中俄北京条约》。
咸丰十一年（1861 年），咸丰帝驾崩，奕?与两宫太后联合发动辛酉政变，成功夺取政权，被授予议政王之衔。此后，他任领班军机大臣与领班总理衙门大臣，大力推动洋务运动，主张发展中国近代军事工业，着手组建海军等。
同治四年（1865 年）恭亲王遭慈禧太后猜忌被革除议政王头衔，但依旧身处权力中心。又因中法战争失利被罢黜，史称“甲申易枢”，此后居家养病十年。
这期间，长女荣寿公主7岁便被接入宫中由慈禧太后抚养，奕?在女儿守寡后回恭亲王府省亲时，给予她安慰和支持。由于身份和环境的限制，他无法像普通父亲一样时刻陪伴在女儿身边，给予她充分的父爱。
奕?作为历经三朝的重臣，有着丰富的政治经验和人生阅历。他教导孩子为人处世的道理和政治智慧。荣寿公主后来在宫廷中能够周旋于慈禧与光绪之间，努力调和两人的矛盾，这可能也与奕?的言传身教有一定关系。但这种教导因见面机会稀少而缺乏系统性和连贯性。
奕?在这十年间对长子载澄的教育是缺失的。载澄自幼聪明，但生性顽劣，长大后更是吃喝嫖赌抽大烟，无所不为。奕?在政治上失势后，精力分散，对载澄的行为无法进行有效的约束和管教。