光绪七年三月，一场突如其来的变故打破了这种平衡。慈安太后突然在钟粹宫离世，年仅45岁。官方记载慈安太后是病逝，据相关史料记载，她身体早有不适，在同治年间就曾卧病在床，病情不断加重，最终因病去世。其生前可能患有肝病等多种严重疾病，在当时的医疗条件下难以得到有效救治。
但民间与野史却流传着许多关于慈安太后死因的传闻，其中最广为流传的便是慈安太后被慈禧太后毒死的说法。有人称慈安太后撞见了慈禧太后的某些不当行径，慈禧太后为了保住自身的权力地位，痛下杀手；还有记载称慈禧太后命御医诊治慈安太后时，御医暗示病已无药可医，这也为毒杀传闻增添了几分神秘色彩。
不过，这些说法大多源于猜测与传闻，缺乏确凿的证据支撑。慈安太后的去世，让慈禧太后得以独揽大权，晚清的政治格局也随之发生了重大转变，加速了这个王朝走向衰败与动荡的进程。
光绪十三年正月（公元1887年2月），17岁的光绪帝举行了亲政典礼。然而，慈禧太后却以训政之名继续把控朝政两年。即使在光绪帝正式亲政后，慈禧太后依然通过各种手段对他进行牵制。她甚至将自己弟弟桂祥的女儿叶赫那拉·静芬立为皇后，以便在光绪帝身边安插眼线，时刻监视他的一举一动。光绪帝在亲政与大婚后，依旧如同傀儡一般，无法真正施展自己的抱负。
光绪九年五月（公元1883年6月），法军进攻越南河内的纸桥，挑起了中法战争。次年，法国侵略军在越南大举进攻，清军连连溃败。慈禧太后借此机会，罢免了恭亲王奕及军机处的其他几位大臣。光绪十一年二月（公元1885年4月），中法战争结束。六月，中法双方签订《中法新约》，中国在这场战争中“不败而败”，失去了对越南的宗主权，国际地位进一步下降。
光绪二十年（公元1894年），朝鲜爆发东学党起义，日本借口保护侨民增兵朝鲜。在中日交涉过程中，战争一触即发。光绪帝极力主战，他不愿看到国家的尊严受到侵犯，希望能够通过战争来维护国家的主权和领土完整。然而，李鸿章等大臣却对日本抱有幻想，主张避战求和。最终，日本控制了朝鲜政权，中日战争正式打响。清军在战争中接连失利，先后经历了牙山战役失利、平壤之战失败、鸭绿江江防之战失利等。大连、旅顺相继失守，威海卫、刘公岛也被日军占据，中国海军覆没殆尽。