因此哥斯拉绝不容许基多拉这般肆无忌惮地胡作非为。于是它迅速确定了基多拉所在的位置，并马不停蹄地追赶上去。一场惊心动魄的对决就此开始。
在后面接连几次的单对单的王者争霸赛之中，哥斯拉始终是处于略逊一筹的那一方，无法被打败，也无法打败基多拉。
因此在看到这个情况之后，本来就与哥斯拉有些矛盾的八岐大蛇以及一些其他的泰坦生物纷纷倒戈向基多拉。
终于，哥斯拉忍无可忍，他决定不再遵守武德，选择与自己至爱亲朋与亲密战友——石穆一同出击。然而，基多拉却对自身实力充满自信，根本不屑于等待其手下与之并肩作战。
正是由于哥斯拉和石穆之间紧密无间的默契配合，再加上基多拉过度自负这个致命弱点，最终导致基多拉败北。
在这场激战之后，基多拉被成功地封印在了一块广袤无垠的大陆之上。随着时间的推移，这块大陆在大陆漂移的作用下发生了巨大变化，逐渐演变成了我们今天所熟知的南极洲。
八岐大蛇见机不妙逃跑躲了起来，而其他的手下要么当场倒戈，要么后面被哥斯拉绞杀殆尽。
而三大霸主级泰坦巨兽由于伤势过重，在这段时间里一直都没有出现过，亦或者是偷偷在背后观察，不出手而已。
它们的养伤之地伴随着时间的变迁，形成了现在地球上的一些地形，因此利维坦养伤的地方最后形成了一个尼斯湖淡水湖。
而由于之前流星坠落以及基多拉的残暴杀戮，此时地球上的生物数量已经明显的下降，已经无法满足哥斯拉这种体型庞大的日常消耗。
于是哥斯拉与斯库拉这一类的嗜核生物便向下寻找，在接近地心之处沉眠，吸收地心核能以供应自己的身体机能自己强化身体之用。
而那些并不喜欢吸收核能的生物，伴随着时间的流逝，要么被活活饿死，要么就是适应了食物不足的生活，然后找了个地方呆着不动，以免能量消耗过大。
在这个过程中，发生了一些哥斯拉不清楚的事情，那就是石穆被曾经的三大霸主生物之一的至尊穆托相遇，然后被至尊穆托击败，注入了自己的卵在其体内，为它们提供生长的能量。