整军运动首先从编制上面进行。
大明蓼军原本的军事编制还是按照浮山军时期的编制为主体，在去年的靖北军元帅府旗下进行自上而下重新混合编制的，主要编制单位为协、营、汛、队、什、伍。
其中最高的军事编制为协，每协总兵力为固定的三千人，下辖若干营，而营作为基础统一军事编制单位，每个步兵营510人，每个骑兵营为310人。
经过一系列的战斗之后，张鹿安发现原有的编制已经无法满足日益频繁的战斗了，决定在协的上面增加“镇”的编制，在营和汛之间增加哨的编制，具体情况下如下：
基本的统一军事编制单位仍然为营，但是每个步兵营的人数提高到1250人，三个营组成一个协，再加上协部辅助人员，每协的总人数编制为4000人；
三协组成一个镇，每镇的总编制人数为人；
营以下则是增加哨的编制，每营下辖三哨，每哨400人，哨以下管辖三个汛和直辖的三个队，汛以下的编制不变，每汛仍为100人，辖三队，每队32人。
军事级别增加了，将领和军官的等级自然也得增加，经过张鹿安对原本大明将官体系进行微调，每镇的正职为总兵，副职为副将；每协的正职为参将，副职为新增加的偏将；每营的正职为游击，副职为新增加的裨将；每哨的正职为千总，副职为副千户；每汛的正职为把总，副职为百户或者试百户；每队有一名队长（又称总旗官）和一名副队长（新增加副总旗的称呼）；什长又称为小旗官。
具体编制是极为复杂的，以第七协为例，将原亲民官宋德宜撤回，原下辖第七骑兵营调回登州，原来的第三十营游击马天因从孔有德手中获取莫高刀的功劳，晋升为协偏将，成为参将丁维岳的副手，他所空出来的第三十步兵营游击由立功的马德继任。
如果详细述说整编经过会显得特别繁琐，因为涉及到大量的将领和军官的调动，需要同时兼顾“掺沙子”和“埋钉子”，还得照顾新投诚的一些将领的心情，之后先期整编的部队还得与一线的部队进行换防，将一线部队撤下进行重新整编，再派回前线。
整个过程复杂多变，持续了三个月的时间，整编完成后，除了辽南和济州岛的军队外，蓼军的编制简要陈述为：
一、张鹿安直管的近卫镇野战军，包含丘无极统领的近卫协（加强协）、仇有光率领的骑兵第一协（整编后暂时包含六个骑兵营，分别为巴勒的第二骑兵营、周桂轩的第三骑兵营、程万里的第六骑兵营、彭心见的第七骑兵营、贺国勇的第九骑兵营和亚柱的第十骑兵营）、谭应华率领的炮兵协（编制不变）、裴守政的第八步兵协（偏将王驰，下辖马瑞恒的第三十一步兵营、刘桐湘的第三十二步兵营和杨之华的第三十三步兵营）、赵良栋的第九步兵协（偏将为李德，下辖陈利军的第三十四步兵营、来长林的第三十五步兵营和接替了升职的李德职位的降将杜应金所统帅第三十六步兵营）和仇有亮的第十一协（偏将叶晟，下辖杨邦泽的第四十六步兵营、鲁胤昌的第四十七步兵营和骆宾的第四十八步兵营），总兵力合计两万五千余人（近卫镇比较特殊，属于加强军镇）。