“难道是……”深作仙人面露惊惶。
鸣人握紧拳头：“不管是什么，我都会保护好忍者世界。”
他迅速召集伙伴们，包括已经成家立业的佐助和小樱。大家重新集结在一起，毫无惧色。
原来当初黑暗之门并未被完全摧毁，残留的黑暗力量经过多年又卷土重来。但此时的鸣人他们比以前更加成熟强大。
众人朝着邪恶力量的源头进发，一路上过关斩将。最后，鸣人联合伙伴之力，施展出全新的忍术，一举消灭了黑暗力量。忍者世界再度迎来安宁，鸣人他们的传奇仍在延续。平静的日子又过去了许久，鸣人开始思考如何避免类似的黑暗力量再次威胁忍者世界。他召集各国的忍者精英以及村里的智者们一起商讨对策。有人提议建立一个专门监测异常能量波动的组织，鸣人觉得这个主意不错并着手实施。
不久后，这个组织建成，并且成功预警了几次小规模的黑暗能量涌动。然而，一次意外发生了，预警系统突然全面瘫痪。鸣人亲自前往查看，发现是一种新型的干扰装置造成的。这背后似乎隐藏着一个更大的阴谋。
就在鸣人他们追查幕后黑手的时候，各地开始出现一些被控制心智的忍者伤人事件。鸣人意识到时间紧迫，必须尽快揪出幕后主谋。通过细致排查，他们锁定了一个偏僻岛屿。
当鸣人带领伙伴们登上岛屿时，一个神秘人出现，他声称人类无穷的欲望必然会滋生黑暗，他不过是加速这个进程。鸣人反驳他，表明人类的羁绊与勇气足以战胜任何黑暗。双方展开激战，鸣人他们最终打败神秘人，捣毁干扰装置，忍者世界再次回归平静。