自离开家乡四年后才归，在家中以弹琴读书自娱。
大将军袁绍听说后征召崔琰。
当时袁绍的士兵专横暴虐，挖掘坟墓，崔琰规劝说：“昔日荀况有过这样的话：‘对士兵平素不进行教训，战斗力就不会强大，即使是商汤、周武王那样的人，也不能凭借他们作战取得胜利。’如今道路上尸骨暴露，百姓未见到您的德政，应该命令各个郡县掩埋尸骸，以显示您的为死者伤痛的爱心，追随周文王的仁慈之举。”袁绍让崔琰作了骑都尉。
后来袁绍在黎阳县带兵，将部队驻扎在延津渡口，崔琰又规劝说：“天子如今在许昌，百姓的愿望支持顺从朝廷的一方，我部不如谨守治境，向天子述职，以便安定这一地区。”
袁绍却不听从，于是在官渡大败。
等到袁绍死后，他的两个儿子互相争斗，争着想得到崔琰。
崔琰说自己有病，坚决推辞，因此获罪，被关进了监狱，依靠新野阴夔、陈琳营救，才免于一死。
建安十年（205年），曹操打败袁氏后，兼任冀州牧，征召崔琰任别驾从事史，对崔琰说：“过去查核户籍，可以达到三十万之多，冀州可称得上是大州了。”崔琰回答说：“如今汉家天下分崩，九州分裂，袁氏兄弟同室操戈，冀州百姓露尸荒野。王师驾到，没听说先传布仁声，以扩充实力为当务之急，这难道是敝州男女老少寄希望于明公的吗？”曹操肃然动容，向他表示歉意。当时宾客都大惊失色。
建安十一年（206年），曹操征讨并州，留下崔琰在邺城辅佐曹丕。曹丕照旧外出打猎，改换服装、车辆，兴趣全在追逐猎物上。
崔琰上疏规劝说：“曾听说周文王不敢以打猎为乐，《尚书》记载此事以为后人借鉴；鲁隐公外出观鱼，《春秋》因其非礼而讥刺之。这是周公、孔子的格言，两部经典所阐明的大义。夏桀无道，成为商朝的一面镜子，《诗经》说‘殷鉴不远’；王者的疾日不该举乐，《礼记》记载此事作为忌戒。这又是比较切近的得失成败的事例，不可以不深思明察啊。袁氏家族富强，而其公子放纵，游玩作乐，极为奢侈，正义之举天下不闻，明哲君子，顷刻间便欲离去，勇武壮士，不肯为其尽爪牙之用。这就决定了袁氏虽然拥有百万民众，地跨整个河北，却没有立足之地。现今国家衰败，恩惠的施予尚不普遍，男女百姓企望、想念德政。况且您父亲亲自参与戎马征讨，上上下下，操劳辛苦，世子您应当遵循正道，谨慎地使行为端正，思虑治国的最高战略，对内有所鉴戒，对外发扬高远的节操，深加思索你太子的责任，宝贵你的身份。而您却失了身份地穿着管理山泽园囿者的卑贱的服装，急急地四处奔驰，身临险地，志向只限于猎获野鸡兔子这类小小的娱乐，忘了国家社稷才是最重要的，这实在使有识者痛心啊。希望世子您烧毁猎具，舍弃行旅戎服，以满足众人的愿望，不让老臣获罪于天。”曹丕答复说：“从前奉悉您谆谆的教诲，要我烧猎具、弃戎服。如今猎具都已焚毁，戎服也已脱去了。以后再有类似的错误，还望您再次给我教诲。”