王道纯派遣中军沈廷谕、参将陶廷鑨率数千人偷袭阮城店。
大军压境战争一触即发，孔有德他们时刻准备着。朝廷的兵马偷袭不成反中埋伏溃不成军，史书称“皆败而走”。
主战派大吃一惊，这才知道山东新军是块硬骨头，意识到要想剿灭新军必须付出惨重代价，这是到处漏风的朝廷难以承受的。不少欺软怕硬的家伙立即改换门庭变成和平主义者，像余大成一样极力避免交战，力主以招抚的方式挽回损失。他们不曾想到他们的行为给朱明朝廷造成更大的损失。当然损失的是国家民族，他们自己的损失短时间内一点没有。
对峙双方已经大打出手，挑起战争一方军队突然遭自己人掣肘不准打，这显然是将前线军队的生命交与敌手，敌人若不趁机反击就是白痴。
王道纯的偷袭军队大败而归，但他成功的诱使孔有德等人认定朝廷剿灭他们的军事行动迫在眉睫，为求自保只能先下手为强（事实上他们是被动反击）。
脸皮已经撕破，退路已经断绝，新军再无顾忌，重新进行编制，大家推举孔有德为都元帅。孔有德以“九成父子材武，且有首事之勋”让贤，自居为副。
李九成正式扯旗造反建立军政府，自封都元帅，用缴获的登莱巡抚印号令天下。孔有德为副帅，耿仲明为都督，山东新军上下一心反抗朱明暴政。
大战爆发朱明朝廷依旧精神分裂，在剿抚之间摇摆不定。前线明军正值新败，受此影响士无战心将无战意一片松懈。李九成趁机分兵数路攻掠州县，自己更是亲率大军，亲冒箭矢攻克黄县。
新军主动出击震惊朱明朝野，他们方才意识到掌握国家机器的他们拥有逼反军民的权力，反抗的战火一旦点燃，他们就没有权力决定什么时候结束？以什么方式结束？
为挽救危局，明廷任命徐从治为山东巡抚，谢琏为登莱巡抚。按照分工，谢琏在莱州城指挥作战，徐从治坐镇青州负责增援、后勤，不曾想徐从治为安抚民心也进驻莱州。
莱州城所处的地势并不十分险要，但是莱州城是在万历二十六年重建的新城，孔元化还参照了西洋筑城法进行加固。