甘卓听后终于有了决定，于是派巴东监军—柳纯、南平太守—夏侯承、宜都太守—谭该等人称王敦叛逆，率兵讨伐。
又派参军—司马赞和孙双到台城上报，甘卓因而获任命为镇南大将军、侍中、都督荆梁二州诸军事、荆州牧、梁州刺史。
罗英被派到到广州与陶侃相会，陶侃后即派参军—高宝率兵北上。
武昌城中传闻甘卓军已到，众人大惊而离散。
王敦所派的南蛮校尉—魏乂率军二万进攻湘州治所—长沙，因长沙城池不稳而又缺乏军需储备，众人都十分恐惧。
有人更劝司马承投靠陶侃，或退守零陵、桂阳，但司马承坚持要婴城固守。
甘卓写书司马承要出兵沔口断绝王敦归路，藉以解除长沙之围，但司马承劝他直接攻击王敦。
同时，王敦亦派甘卬向甘卓求和，甘卓再次犹豫，在猪口停驻了数十日仍不前进。
被召还建康防守的刘隗回京时受到百官在道上欢迎，意气自若。
入宫后，与刁协要求司马睿因王敦叛乱而尽诛王氏，但遭到拒绝，刘隗因而有惧色。
同时，王导亦率宗族子弟二十多人请罪，都被司马睿原谅。
王导任前锋大都督，戴渊任骠骑将军，周札为右将军、都督石头诸军事。
又命王廙劝止王敦，但王敦不听，更留下王廙自行任用。
王敦逼近建康时，刘隗被指挀守金城，周札守石头城，司马睿亲自领军在城郊准备迎战。
王敦兵临石头城，打算进攻金城，打击刘隗。
但部将—杜弘认为刘隗死士众多，不易攻克，建议先攻石头城。
又认为周札少有恩德，士众不服他，易于攻克，而石头城一旦被击破，刘隗就会退走。
王敦听从，并进攻石头城，周札开城门投降。
王敦因而占据石头城。
于是，司马睿命刘隗、戴渊、刁协、王导、周顗、郭逸和虞潭等率军进攻石头城，但都被王敦军打败。
太子—司马绍知道诸军兵败后，打算亲率将士决一死战，但被太子中庶子—温峤谏止。
王敦在石头城中拥兵，不入宫朝见司马睿，更放纵士卒四处抢掠。
当地大乱，官员都逃走，只余下安东将军—刘超率众与两名侍中侍奉司马睿。
司马睿只好脱下戎服，派使者向王敦求和。