下计则是谋反动乱，颠覆朝廷。
钱凤却认为，下计才是最好的计谋，与沈充决定在王敦死后发动叛乱。
之后，丹阳尹出缺，王敦表温峤为丹阳尹，意图借此监视朝廷动静。
但温峤却向司马绍报告王敦的图谋，更与庾亮一同策划讨伐王敦的计划，令王敦大怒。
司马绍知道王敦病重的消息后，一方面派人去问候王敦，另一方面却微服到芜湖观察王敦的营垒，又向大臣询问王敦的起居。
后问光禄勋应詹应否讨伐，应詹劝他讨伐，于是决定了进攻。
加司徒王导为大都督，领扬州刺史；
以温峤和卞敦守石头城，应詹守朱雀桥，郗鉴都督从驾诸军事。
另亦召命临淮太守—苏峻、兖州刺史—刘遐、徐州刺史—王邃、豫州刺史—祖约、广陵太守—陶瞻一同入建康保卫建康并助讨王敦。
王导带领子弟为王敦发丧，而司马绍亦假称王敦已死，下诏讨伐王敦的党羽。
众人都以为王敦已死，士气增强。
王敦接诏后大怒，但因病重而不能领兵，于是命王含为元帅。
命钱凤与冠军将军—邓岳及周抚领兵攻向建康，并以诛杀奸臣—温峤为名号。
王含水陆并进，领五万兵到江宁南岸，逼近建康，众人惊惧。
温峤移驻北岸，并烧毁朱雀桁，令王含不能渡过秦淮河攻击。
期间，王导曾试图劝降王含，但王含没有回答。
后来，司马绍率诸军出屯南皇堂。
并在一夜招募壮士，派将军—段秀和中军司马—曹浑等率千兵渡过秦淮河，攻其不备。
之后，在清晨在越战与王含交战，大破王含军，并斩将领何康。
王敦知道王含兵败后大怒，更试图要起身领军反攻，但因病重而不能起身。
钱凤后亦到江宁南岸，与司马绍所率诸军交战，频频战败。
王敦知自己不久人世，向少府—羊鉴和王应要求，在他死后要先置文武百官才办丧事。
不久王敦病逝，王应秘不发丧，用蜡处理尸体并埋在屋中就与诸葛瑶等纵情声色。
司马绍亦曾派人以司空之位引诱沈充归降，但沈充拒绝，领兵攻向建康。
早前宗正卿—虞潭因病回会稽，听闻沈充起兵后即在余姚起兵讨伐沈充，司马绍于是任命虞潭为会稽内史。
前安东将军—刘超和宣城内史—钟雅亦起兵讨伐王敦，义兴人—周蹇亦杀王敦任命的太守—刘芳，祖约亦驱逐王敦任命的淮南太守—任台。
沈充及后带领一万多兵与王含军会合，司马—顾飏献计沈充——上计建议他引湖水灌入建康，乘水势以水军入城；