但当天晚上十点多钟，警察来到烟厂，把闫峰也喊了出来，两人随后被带到新城区公安分局进行询问。
当年新城分局的局长冯志明，和两个人聊了几句之后，就想当然的产生了怀疑。
这两个小子怎么可能知道女厕所里有尸体？这太值得怀疑了，里面肯定有问题，估计他们是想来个灯下黑，玩贼喊捉贼的把戏。
于是冯志明马上加大审讯力度，必须从这两个小子嘴里挖出整个作案过程。
两人没干过这事，肯定不会承认，打死也不肯招，这可是掉脑袋的事情。
随后冯志明通过两人的证词判断，闫峰应该没什么事，这事肯定是呼格吉勒图一个人去买泡泡糖的时候干的，然后他又回去找闫峰做掩护，一起来报的案。
接下来必然是上了各种手段，两天之后，呼格吉勒图承认了自己有罪，对小杨动了手。
一直到五月七号，此案被移交检察院之后，呼格吉勒图第一次翻供，说自己是无辜的，他在申述材料中，讲述了警方对其使用特殊手段，逼迫自己承认罪行。
但是在5月25号法院开庭的时候，由于种种原因，呼格吉勒图又在法庭上承认了自己的罪行。
从案发之日起，一直到呼格吉勒图被执行死刑的这61天的时间里，他一共有14次审讯记录，其中在十一份笔录中，他承认了自己的罪行，只有三次做了无罪陈述。
可是在呼格吉勒图认罪的笔录中，有很多内容，是和现场情况以及尸检报告有冲突的。
比如呼格吉勒图的口供中供诉：受害人说普通话，身高在1米6到1米65之间，发型是长发直发，上衣没穿外套，只穿了一件毛衣，这些内容均与实际情况不符合。
警方这边判定呼格吉勒图有罪的理由，除了他的口供之外，还有呼格吉勒图的指甲缝里，提取到了受害人的血迹，但事实上，仅有一张血型一致的检测报告。
呼格吉勒图的律师是这样说的：“相同血型的人有很多，这个案子里，可能恰巧受害人的血型，和呼格吉勒图指甲缝里提取到的血液是同一血型，或者受害人在查看尸体时，不小心沾上了受害人的血液，并不能做为定罪证据。”
由于当年只有公安部有做DNA鉴定的设备，地方上如果要做鉴定，是需要排队的，本案并没有申请DNA鉴定，律师的辩护内容，也未被采纳。
呼格吉勒图冤案，之所以日后在公安部内部引起了巨大震动，最主要的原因，就是当年这些办案人员完全就是胡来。