在藏象学说方面，《难经》突出肾的重要性，建立了“肾（命门）-元气-三焦”为轴心的整体生命观。其创立的命门学说，成为中医理论体系的重要组成部分。在经络学说方面，简明而系统地阐述了任脉、督脉、冲脉、带脉、阳维、阴维、阳跷、阴跷八条奇经的功能特点、循行路线、病变证候及其与十二正经的功能联系等，并总称之为“奇经八脉”。这一名称在现存古籍中是《难经》最先提出的。
《难经》关于奇经的论述以及八会穴等理论的提出，充实了经络学说的内容；以五行生克规律为指导的整体防治观，用于说明经脉与腧穴的五行属性和生克关系，解释疾病的发生和传变规律，并用于针刺的补泻；以天人相应的内外统一整体观，论述疾病与季节关系、脉象的四时变化、针刺因时制宜。这些内容对后世医学理论的发展有深远的影响。
成书背景
《难经》是在《素问》《灵枢》基础上提出八十一个问题进行重点讨论，然后归纳成书。关于《难经》的作者与成书年代历来有不同的看法，一般认为其成书不晚于东汉，内容可能与秦越人（扁鹊）有一定关系。《难经》之“难”字，有“问难”或“疑难”之义。具体说法有：成书于上古，为黄帝所作；成书于战国，出自秦越人之手；成书于西汉，为淳于意所撰；成书于东汉，为东汉名师所做；成书于六朝，为六朝后期著作等。
后世影响
《难经》被认为是可以羽翼《灵》《素》的中医经典著作，其寸口诊法，对奇经八脉、三焦和命门的论述均为后世所继承。
五邪相干
《难经》“五邪相干”理论通过“五邪”与“五脏”对应，并借助五脏之间的生克关系，搭建起一个“五邪”侵入人体后的五脏传变体系，最终以形成了自然界邪气与人体内在脏腑相结合，并按照五行生克传变规律不断进行的中医理论框架。此理论为今天临床上最为常用的五脏辨证的“开山之祖”，对于后世五脏辨证的研究具有重要的临床指导意义。
脉学
《难经》虽非脉学专著，但其上承《黄帝内经》，下启《脉经》，对脉学做出了重大的贡献。其内容简洁、篇幅不大，但论述脉诊的内容却十分丰富。
全书中专论脉学的部分就有22难，加之其他兼论脉学的部分，约占了全书的1/3。所论脉学内容，包括脉诊的基本知识、基本理论及正常反常脉象等，特别是书中首先提出并基本完成的“独取寸口”的诊脉方法，不论在方法还是理论上，都是对《黄帝内经》脉法的重大突破和超越。
针刺方法
《难经》有关针刺治则、补泻手法、配穴方法、针刺操作等方面的学术思想和临证特点，均是在阴阳五行学说指导下产生和发展起来的，如针刺取穴中重视从阴引阳、从阳引阴，针刺操作中注重阴阳相配、刚柔相济，针刺方法上注重取阴养阳、取阳养阴，针刺补泻方法提出“补母泻子”和“泻南补北”等，这些对后世针法理论的发展具有重要指导意义。