随即，董继舒告辞朱纯臣，起身而去，但是，却没有带上还在给朱纯臣建造密室的兵卒。
回到校场，却见到杜逢春火急火燎地跑过来：“跟你说了，今日太孙要来，你怎么还敢不到！”
董继舒：“末将已经答应了成国公，帮他建造密室，工程尚未完工，岂能言而无信？”
杜逢春：“太孙脸色不善，像是要杀鸡儆猴，你可要小心些！”
董继舒哈哈大笑：“料也无妨！”
随即，董继舒走到朱由校面前，躬身行礼，说到：“末将来迟，请太孙治罪！”
这条线：“好说，好说，治罪是一定的。在砍了你之前，先说说兵员的问题，员额七千，为何只来了九百多？”
董继舒：“员额名册，都是给事中丘懋炜负责，末将只负责操练！”
朱由校冷笑道：“就是说，这少了的六千多人，你一无所知？”
朱由校：“很好，很好！丘懋炜，你来解释！”
丘懋炜大汗淋漓，说道：“兵员名册，确实在微臣手里。但是，本官只负责按名单向户部申请军饷，而名单则是董将军报上来的！”
朱由校：“不错，你俩先狗咬狗，到底是谁吃了空饷，喝了兵血！”
董继舒、丘懋炜两人怒目相向，却不说话！
朱由校等的不耐烦，对张维贤说道：“国公爷，你下令吧！”
张维贤对执事营参将王继说道：“王继，行刑！”
王继立刻带几名执纪兵过来，把丘懋炜和董继舒捆起来，按倒在地！
董继舒大喊：“本将不服！所缺六千员额，杜逢春是知道的，老子还要送给他两千的军饷，丘懋炜也吃了一千，薛三才吃了一千，朱纯臣也吃五百！”
张维贤喝令：“把杜逢春也绑了！”
朱由校默不作声，就看着执纪兵把丘懋炜、董继舒、杜逢春三人当众砍头！
随即，朱由校下令，把神枢二营的员额改为700人，未到的六千多全部革除，还要在到场的九百多人中，淘汰老弱，只剩下700人！
整整三天，朱由校就在军营，对神枢十个营展开清洗，当场砍杀佐击五人、游击七人、参将九人、副将两人！
神枢营的七万员额，也调整为7000，并重新开始招募士兵。
并且，革除朱纯臣五军营的统领职务。
朱由校早想对他下手，但朱纯臣在军队中耕耘多年，只好等到私通建奴的案子爆发，再彻底清算他。
这个消息传出，五军营和神机营也立刻动了起来，除了逃跑的将领，其余的都主动交代问题，获得宽大处理。
在这个过程中，也发现了很多优秀的将才，原为神枢十营佐击林兆鼎升为副将、原神机营副将杨肇基升为神机营总兵官、神机十营佐击麻时升为副将、五军二营参将毛有伦升为副将。
除此之外，朱由校还把五军营交由曹国公李邦镇掌管，神机营交由定国公徐希皋掌管。
一是因为他们的儿子都是朱由校现在皇庄护卫军的统领，值得信任；
二是因为，他们现在跟着朱由校挣了大钱，不至于再行贪污之事。