他深知，尽管这次能够顺利撤退，但未来的局势仍然严峻。
厄普西隆的威胁并未消除，而苏军在北美地区的离去更是让他们失去了一块儿重要的地区，尽管苏军在原控制区采取了焦土政策绝不给厄普西隆留下更多的物资补充，他们得到的不过是一片废土。但未来依旧暗淡，关系未知的CN，愈发强大的厄普西隆，生死不明的盟军……这些都是奇才要考虑的问题。
奇才并没有被困境所击倒，他下定决心要重整旗鼓，寻找对抗厄普西隆的方法。
在艰苦的跋涉中，奇才带领着剩余的士兵们，守护着最后宝贵的战争物资，向着未知的前方迈进。
虽然保住了底特律的心灵信标，但心灵军团失去了刺杀作为他们“前战友”的将军同志的机会，芝加哥的心灵控制增幅器仍处于苏联的手中。但至少心灵军团有了足够的底牌，这样便可以继续与敌人在北美洲坚持作战。
其他消息很快从东部传来——波士顿的心灵信标以及一座包含了超级武器计划的前哨站落入了美国反抗军部队之手。更糟糕的是，他们似乎还得到了来自悖论远征军的支持...为了确保超级武器的安全，也是确保自己在北美洲拥有更多的立足之地，心灵军团派出了两支小队前去摧毁那座心灵信标并和当地其他的部队会合。