牛群带领军队驻扎在苏伊士地区，警惕着可能出现的埃及军队偷袭。与此同时，联军战败以及女王被俘的消息也传回到了埃及国内。
十二万大军一夜之间全军覆没，这让原本负责为大军提供后勤保障的克丽奥佩脱拉五世震惊不已。当她得知这个噩耗时，当场昏倒在地。
与埃及王宫的混乱局面类似，整个埃及托勒密王朝陷入了一场巨大的动荡之中。首先发起叛乱的是底比斯的传统埃及贵族，他们对这些来自外地的希腊人早已心生不满，此次趁乱试图重新建立一个完全属于埃及人的国家。
这些贵族们联合了上埃及的所有底比斯贵族，驱赶了希腊人和犹子等外来人口，并推举出美尼斯一世的后裔来继承王位，将其称为底比斯三世。
而那些被驱逐的希腊人和犹子则纷纷逃往孟菲斯这座位于上下埃及交界处的城市。他们四处招募雇佣军，组成了一支庞大的队伍。这支雇佣军中包含了衣索比亚的黑人、加拉太人、迈西亚人等等不同种族的士兵，试图夺回上埃及。
底比斯三世率领着他的军队一路北上，迅速占领了众多城镇。他的胜利使得更多的埃及人加入了他的阵营，底比斯三世的势力越发强大。
然而，当他准备进攻孟菲斯时，却遇到了难题。孟菲斯的城墙高大坚固，守军顽强抵抗，底比斯三世的军队一时难以攻克。
与此同时，苏醒过来的克丽奥佩脱拉五世意识到当前局势的严峻性，她明白如果不采取行动，托勒密将面临灭顶之灾。于是她果断地作出决定，派遣使者前往秦国，表达托勒密愿意臣服于秦国的意愿（为了方便区分，从现在起，下埃及被称为托勒密，而上埃及则被称为底比斯）。
她深知这场战争已经给托勒密带来了巨大的损失，因此她希望通过献出领土和财富来换取秦王的谅解，并确保克丽奥佩脱拉六世和被俘战士们的生命安全。同时，她也知道这样做可能会引起国内一些人的反对，但她坚信这是拯救国家的唯一途径。
在等待秦国回复的同时，克丽奥佩脱拉五世开始积极筹备军事力量。她搜刮国内的财富，招募雇佣军，并计划一旦得到秦国的答复，就率领军队前往孟菲斯，消灭围城的底比斯叛军。然而，她没有预料到的是，国内的形势比她想象的还要糟糕。
许多埃及士卒纷纷叛变，宣布效忠于底比斯王朝，这使得她不得不先平息国内的叛乱，然后才有能力处理孟菲斯的危机。面对如此困境，克丽奥佩脱拉五世感到十分焦虑。她明白，如果不能迅速解决国内的问题，底比斯的叛乱将会愈发严重。此外，由于秦军在边境虎视眈眈，她不敢全力以赴地镇压国内的叛乱，以免引发更大规模的内战。