在琼华岛四周建有临湖环形道路，朱由校没有让人用铺设水泥路，而是铺设的砖石。
岛西面因为面对太液池，朱由校让人在湖边建了几座水榭与亭台楼阁。
藕香榭靠近大门与紧邻湖面，与玉熙宫对面而立，因附近种植了一大片荷花，所以得以取其名，当然，也因朱由校有选择困难症，直接借鉴了曹先生的取名。
藕香榭往北几十米，新建了一座深入湖中的平台，作为今后朱由校钓鱼的场所，朱由校干脆就叫钓鱼台了。
再往北，建筑大多建于靠山的一侧，朱由校依次命名为毓秀亭、引胜阁，而接近北边码头靠湖的两座建筑分别命名为分凉阁与远帆阁。
至于琼华岛的东面，因水面狭窄，而且紧邻内廷与护卫值房，而且东面不远处便是嘉靖建造的大高玄殿与万法宝殿，并且万岁山就在东面不远处，不管是出于空间布局还是安全考虑，朱由校都不会选择在东面建设一些游玩的停歇之所。
琼华岛朱由校最关心的护卫工作，除了正门的警卫室与护卫房，在东西两面进入承光殿的乾明门与棂星门处，也分别设立了警卫室与护卫房。