随着巡盐御史对都转运盐使权力的不断侵夺，到嘉靖初年，巡盐御史开始成为凌驾于运使之上新的最高盐业管理者。
嘉靖七年，巡盐御史王舜耕以灶丁贫困，令运司将纸米价银并粟谷量行给散，全活甚夥。
从而，运司官员已经沦为巡盐御史的下属，听其指令。
嘉靖年间，史起蛰在其所撰《两淮盐法志》中曾这样概括巡盐御史的职权：
上命监察御史一人，秩正七品。
御史之职掌：察两淮盐策之政令，监临司使，平惠商灶。
凡盗煮私鬻阻坏盐法者，则督令官军捕扑之。
盐粮发运，自兖、济距留都河渠兼理之，无使壅滞。诸司之事有所兴革，咸请于御史审允之而后行，御史乃视其成，校其功状殿最、参其德行、量其材艺而荐纠之，以奉行其制命焉。
《两淮盐法志》概括的职权，大致可以归纳为监察考核运司官员、巡捕私盐、管理河道、完善盐务管理四个方面，几乎涵盖了盐务管理的所有环节，以前巡盐御史亲自负责的稽查私盐工作，已变成督令官军捕扑之，成为巡盐御史职责的次要方面。
此时的运使已完全处于从属地位，只是谨受巡盐御史之政令而申励焉，巡盐御史成为完全意义上的各地最高盐业管理者。
也正因此，作为盐业管理事实上的长官，巡盐御史多被时人称为‘盐官’或‘盐院’。
自嘉靖朝时起，作为凌驾于各地运司之上的盐业管理最高长官，巡盐御史对于统一盐政事权、处理各地盐务问题，特别是保障盐业产销、稳定国家盐利收入有着决定性的影响。
万历年间因各地巡盐御史空缺较多，在缺乏巡盐御史督理之时，各地盐政几乎陷入瘫痪。
两淮盐课因缺乏巡盐御史监管，课额亏减白银七十余万两。
另外，由于缺少巡盐御史督理，自万历三十四年夏至三十五年春，长芦和山东运司亏欠户部盐课银二十五万两，两淮课额欠至一百余万两。
半年多时间，竟亏欠如此之多，实在惊人。
在万历时期，巡盐御史已经成为不可或缺的盐业监管者，而原有的都转运盐使司，在缺乏巡盐御史督理的情况下，已经不能独自完成盐务管理的任务了，巡盐御史一旦缺任，盐业系统将不能正常运行。
总的来说，大明巡盐御史的权力经历了一个发展、扩张、稳定的过程，在嘉靖朝已经成为各地至高、至关紧要的盐政管理者。