最后，鞑元仁宗判孔元措一系为正溯，孔元用一系彻底败北。呜呼哀哉！可怜孔元用为忽必烈统一大业流尽了最后一滴狗血，他的后人却惨遭排挤打压，苍天啊！
为了取悦忽必烈，孔府还派出大儒张德辉与元好问等觐见忽必烈，跪请他为“儒教大宗师”，堂堂华夏“圣学”，竟然请得一位双手沾满数千万汉人鲜血的酋首来做大宗师，孔府真正实现了“以德报怨”的最高境界。
虽说不识几个汉字，忽必烈还是愉快地接受了他们的请求，出任“儒教大宗师”。心情大好之下，忽必烈蠲免了孔府和儒户的兵赋，一众儒士弹冠相庆欢呼雀跃。“君子谋道不谋食”在这里得到了完美的体现。
其实孔府平日里就财富六车威震乡里，广大劳苦百姓无不献地献女，为奴为仆，改姓为孔以求沾得衍圣公之圣恩。这蠲免孔府兵赋不过是锦上添花而已，当然，钱多不咬手，何况这可是“儒教大宗师”的恩赐啊！
要论孔府衍圣公中最具与时俱进顺应大势素质的，莫过于明末孔府衍圣公孔胤植，咱老朱家待他那真是没得说，此公本非嫡传，却不但受封衍圣公，还先后被加太子太保和太子太傅，可谓“君恩如山”。
可李自成一入山东，离曲阜还远着的时候，孔府就出朱示，令人供奉大顺国永昌皇帝龙位，并献马献银，跪纳印信。
哪晓得这回换主急了点，后世中没几天，大顺军跑了，来了清夷大军，这位三姓衍圣公知错就改，即上《初进表文》，向清廷表忠心，称颂清帝“山河与日月交辉，国祚同乾坤并永”，表示“臣等阙里竖儒，章缝微末，曩承列代殊恩，今庆新朝盛治，瞻学之崇隆，趋跄恐后”。
接着，为响应建奴发布的剃发令，三姓公孔胤植隆重举行了剃发仪式，“恭设香案，宣读圣谕”，令族人剃发。于此同时，建奴正在江阴嘉定等地屠戮那些抗拒剃发易服的无数百姓。
再后来，为了避清帝胤模讳，三姓公孔胤植改名孔衍植，再度表明了对清廷的耿耿忠心。
三姓公公孔衍（胤）植如此识大体顾大局顺应历史潮流，怕是连汪精卫吴三桂之流的也要伸出大拇指啊！
朱由检作为后世之人，自然是知道这山东孔家有多么的卑劣，当然，儒家思想还是不错的，孔家还是有骨气的，只是这曲阜孔家实在不易再留存下去了。
本来朱由检早就想动手，但考虑到孔家乃天下士子的核心，时机还不成熟，一直拖延至今。
不过经过数年的努力，八股的废除，科学的流行，大明的士子百姓们对孔府的看法，早就发生了很大的改变，这天下乃是皇明朱家的，你衍圣公一脉对朝廷有何贡献？就算是靠着先祖余荫，那也消耗的差不多了吧？
在对曲阜孔家动手的同时，大明朝廷通过报刊对其进行了刊登，将其恶行昭告天下，一时间，本就对曲阜孔家有些意见或看不惯其作风的士子百姓在此等推波助澜下，开始对孔家口诛笔伐，甚至一度上表皇帝，要求予以惩戒的地步。
见时机已成熟，朱由检果断下旨，对曲阜孔家进行抓捕行动，为防万一，此次行动出动总计三百锦衣卫和一千守卫军。