总参？
后勤？
非鱼与熊掌不可兼得。
区别是朱由校认为总参重要程度高于后勤，杨肇基，朱童蒙两名领兵征战的将领则恰恰相反，认为后勤重要程度高于总参。
此番君臣意见相左，非朱由校独霸军权或轻视后勤，实乃建立大户部，设转运使，转运使虽非专门管理后勤，却附带有管理后勤的功能。
孰料，朱童蒙，杨肇基建议将后勤单独拎出来。
这时，孙承宗捕捉到皇帝的眼神，直言道：“陛下，兵马未动，粮草先行，此乃古今兵家金科玉律。
而战场形势千变万化，战机稍纵即逝，军令讲求从严从速从快，臣建议强化兵部军事权力，重视后勤部，让前线将士没有后顾之忧。”
顷刻，梅之焕，李邦华，王家桢，吴牲，朱大典亦出言支持。
百官谏言，李国普出声说：“陛下，自辽东之战以来，数场战役证明边军问题在于军饷，粮草，在于前线将领指挥。臣认为军事改革重点依然是军事领导体系和后勤体系。”
刘鸿训微微颔首，进言说：“陛下，首辅言之有理，朝廷不缺制定战略的文臣武将，难的是前线将领作战和后勤补给。”
朱由校思索良久，调兵权归兵部，统兵权归枢密院，组建大后勤部，这与他的计划稍有出入，更侧重于后勤。
明末，军事后勤管理确实混乱，缺乏统一归属，导致内耗严重，李自成起义，连同明年辽东军哗变，全因后勤引起。
此时，乾清宫的文武百官都领兵过兵，打过仗，比他更清楚前线军队弊端。
朱由校主打善于纳谏，当机立断决出决定：“即日起，兵部调兵，枢密院统兵，后勤部负责部署后勤，组织后方动员，实施后勤支援，负责军费申请，分配和预算，及物资采购保障。
下设物资局，运输局，军需局，卫生局。物资局负责供应保障和军队军饷，物资，装备。运输局负责运输投送军事物资相关的运输工具，军需局负责供应军队被装、火器，给养，各类装备维修，卫生局负责军队医疗保障。”
百官聆听朱由校安排，陆续表态支持，唯独杨肇基道：“陛下，后勤部亦改设联络局或办事局，若遇战事联络局或办事局直接同前线将领沟通。”
闻言，朱由校欣然赞同。
朝廷军事顶层设计分为兵部，枢密院，后勤总局。
从以前兵部既管人又管物，改变为兵部单纯管人，后勤部单纯管物，兵部，后勤部同为军事作战服务，谁出问题谁负责。
百官讨论片刻，孙承宗出声说：“陛下，设计好最高军事力量机构，地方军事力量亦要改变。当前总兵名义上帐下万人，实际能调动的兵勇仅有一两千人，还时刻受御史，监军，兵备道掣肘。
难以做到上峰手谕，则兵贵神速。今朝廷设枢密院，五军都督府则成为累赘，各省都指挥使司是否变动？”
军事改革，牵一发而动全身。
不光涉及各方利益，军改成败更关乎大明生死存亡。
本来该稳扎稳打，徐徐图之，不知皇帝为何紧锣密鼓改革。