辅王杨辅清、护王陈坤书，亦以既定之策，分攻宁国、金柱关。
李秀成查观战局，复嘱堵王黄文金、孝王胡鼎文，搜集战船，密布固城、南漪二湖，进驻水阳、新河庄，截断宁国鲍妖之粮路，横格宁国、金柱关之声气。
太平军压境，曾国荃急咨鲍超、彭玉麟、杨载福：自夏秋后疫病流染，雨花台各营，无病者不过一二成队，病者无数，死亡相继，战力顿减，难以制贼；鲍兄霆部更甚。值此艰难困苦之际，雨花台、宁国地方不宜再攻，稳守为妥；雪琴、厚庵二兄久驻舟间，染病略少，或可配合陆师，戮力反击抵近金柱关之贼。
曾国藩闻知，心胆倶碎，急道：尚未与逆接仗，霆军、吉军即已病亡惨重。春霆咨禀，其部病达六千余人，死者逾千，悍将黄庆、伍华瀚亦未幸免；沅甫曰，其部能战者不足万人。如此之势，岂不一触即溃。
赵烈文道：霆、吉二部并力一战，退守芜湖，依水师自保？
曾国藩道：万万不可，稍有风吹草动，退军必溃。惟就现有兵力，专谋坚守，不图出战，或尚可为。
赵烈文道：金柱关一地，九帅之水陆围击之策，如何
曾国藩道：杨载福外江水师、彭玉麟内湖水师，并金柱关朱南桂、罗逢元陆师，三部联击，可获胜仗！
1862年10月6日，护王陈坤书领兵四万，首攻金柱关。
彭玉麟督率水陆各部，接战五场，力扼陈坤书之攻势。
10月11日，堵王黄文金、孝王胡鼎文集船三百余，抬船过东坝，密布固城、南漪二湖。
彭玉麟无惧，亲率内湖水师迎击。
陈坤书见机可乘，遂令大军西趋，自后侧击。
彭玉麟两面作战，渐有不支，急咨杨载福：贼每出队则旗帜遍地，鲜明一二十里，但我军能守不能战，贼死不足惜，前面倒一排，后面进一排。第恐相持日久，我军精锐日减，亟需兄军相援，猛战猛胜数次，方挫逆锋，可期其退。
杨载福闻讯，不敢怠慢，亲率五营水师，倾出大胜关，加入战团。
两军鏖战，胜负不分，天黑各散。
曾国荃亦惧粮路被截，飞嘱彭玉麟等：金柱关得失，是为至要大局，关系匪浅，务望坚忍守此数垒，以全南岸之大局。