在靖难之役中，徐氏的弟弟徐增寿常把建文帝朝中的情报送给燕王，因而被建文帝所杀，朱棣要为他追赠官爵，徐氏反对。后来朱棣还是将徐增寿封为定国公，并让其子袭封，徐氏说这不是我的意愿，而不向朱棣道谢。徐氏还曾将那些朱棣所倚重的大臣的夫人们召进宫来，让她们以民生为念，做好内助。徐氏还采辑《女宪》、《女诫》，编成了《内训》二十篇。又编了《劝善书》，颁行天下，以化育人心。
徐氏病逝，临终她还劝朱棣要爱惜百姓，广求贤才，恩礼宗室，不要骄宠外戚。对于她的死，朱棣十分伤心，为她在灵谷寺、天禧寺举行了大斋，听群臣前来致祭。徐氏被谥为仁孝文皇后，后来朱棣在北京天寿山为自己营建了陵墓长陵，首先将徐氏安葬其中。从此，朱棣不再册立皇后。
朱棣还有两个心爱的妃子，一个是昭献贵妃王氏，一个是恭献贤妃权氏。权氏是朝鲜人，姿质浓粹，善吹玉箫，甚受朱棣宠爱。朱棣率师出塞北征蒙古回还，权妃死在山东临城的回途中。朱棣极为伤心，将她葬在峄县，命令当地百姓出役看守坟茔，他打算将来把她迁葬在徐皇后陵中。因为思念权妃，朱棣对她的哥哥更加厚待，在给他授予诰命时，朱棣不禁含泪伤叹，悲痛得说不出话来。
王氏有贤德，侍奉徐皇后很恭谨，为朱棣所倚重，朱棣晚年性情暴躁，臣属动辄得罪，不论太子诸王公主还是大臣，都得到过王氏的调护。徐氏死后，宫中一切大事实际都由王氏掌管，朱棣甚至有立王氏为皇后之意。王氏的死，使朱棣痛悼不止，更加重了他的丧心风病，自此以后，朱棣处事更多错谬，用刑也更加残酷了，朱棣在临死前的几个月还要求朝鲜进献美女，这时朱棣已经是六十五岁的老人了。
朱棣虽非开国之主，但也并非继体守成之君，对于明朝，他承袭了朱元璋开创的制度，并把它置于更巩固的基础之上，虽无开创之功，却走了关键性的一步。经过朱棣，完善了中国君主宗法制度，奠定了明清两朝的政治格局。