王慎中出任山东提学佥事，任内致力端正学风，革除陋习，制定新的规章条例。如原来规定，读书人谒见教官、学政要按等级行屈膝拜参的大礼。慎中对这种卑躬奉迎的风气很是反感，便另行规定，生员进谒只行常礼，免去一切繁文缛节。同时，重视人才的发掘、培养与提拔，如驰名文坛的“后七子”李攀龙、解元殷士詹，都是由他一手提拔出来的。
不久，升江西参政，江西是着名学者王阳明讲学的地方，地方父老还能记述王阳明讲学活动的旧事。王慎中追寻王氏的旧迹，经常往来于白鹿洞、鹅湖之间，与欧阳南野、邹守益、罗念庵、聂双江等学士交游讲学，阐发经学新义。
后又迁河南参政，当时河南正闹饥荒，饿殍遍野，慎中协同放赈大臣户部侍郎王杲开仓发粟，赈救饥民。王杲见慎中办事干练，深得民心，上疏朝廷建议起擢重用。想不到题奏拔升的表章未见批复，却突然传来慎中被撤职罢官的通知，消息一传开，朝野哗然，都认为这是不可思议的怪事。原来慎中一向清心鲠直，不屑于奉迎上司，阿附权贵，早年在礼部供职时，得罪上司夏言。此时夏言为首辅阁臣，执掌朝纲，一发现奏请拔升慎中的表章，更加嫉恨，于是不仅压下表章不报，反寻借口参了一本，硬是罢了王慎中的官。
王慎中从踏入仕途，到被罢黜，前后在宦海中浮沉15年，报罢时才33岁，人们都为他盛年被罢官感到惋惜，然而他自己却毫不介意，飘然甩手离开官场，遨游于淇水、太行、王屋、苏门、百泉、武当、衡山名山大川之间，悠然自得。晚年居家专事古文着作，当地士子常来请教，“门墙几不能容”，在安平家中病逝，年仅51岁，墓在南安三十四都竹洋乡。