俞大猷和时任广东总兵刘显的军队，与据险福建许家村的倭寇相持两月不下，李超与临海人杨文等随戚继光南下驰援，先取得平海卫大捷，后又参加十二月的仙游之战。仙游战斗打响时，杨文担任戚家军右翼，李超率领陈其可、蒋伯清等左翼奇兵，两支队伍左右夹攻，喊声震天，杀死倭贼1000多名，全军仅用四五个小时就赢得胜利。然后，李超与杨文等部奉命进攻西巢，“虎搏鹰击”，大破倭寇，解仙游之围，又分兵围剿残倭，取得全胜。
李超先后追击“惯战黠倭”于福建同安县的王仓坪和漳浦县的蔡丕岭，与同乡百户张元勋分别担任四路军中的中军佐兵和右奇兵，并统率大军奋勇当先，给予倭寇毁灭性的打击，擒斩160多人，还铲除了奸细和倭寇的大头目。这一战，李超与张元勋等率领的台州兵将表现果敢勇毅，谭纶上表赞誉他：“受事而备尝艰难，临敌而不辞险阻，韬钤久习，枹鼓足当。”
在此期间，李超还统领义总杨文等部，负责围剿屯聚于赤水北山一带的杨一等“山贼”，在永安城外追贼于吉山，斩首29级，其余或在逃跑中溺亡，或溃退香寮老巢，接着又率兵攻破香寮、苏家等处贼寨，取得大胜。率领一支军队会剿山寇蓝松山等，平定叛乱，谭纶再次上表，称誉李超“有勇知方，善谋能断”“冠军之绩，居然上将之材”。
李超接替戚继光升任台金严参将，统兵3200多人驻守福建北路。倭船十艘约300人，由浙江台山海洋入犯福建福宁州，李超独率大军，先后在陈家下洋、郎党山、磉下洋、长村、日澳、闾峡南山、南屏等地，斩倭300余级。倭船二艘，约200余人，自浙江平阳江口至南鹿深洋，李超带义总胡世、何集二部，分别追剿散至西村、深坑二处的倭寇，并歼灭之，终使福建全境倭患平息。
在戚继光亲自督兵下领陆军抗击据南澳的大海盗吴平，统主兵四部驻扎云霄岭，围困南澳。统督三路策应奇兵，捷于龙沙眼又败吴平于宰猪澳。此场战争异常激烈，李超指挥军队殊死血战，斩敌1203级，焚溺2000余人，接着又追剿残敌于柘林、凤凰山、硫黄等地。在硫黄时，“粮尽乏食”，李超依然独统六总，追击敌人，追敌至广东绵羊寨，李超此战中立下首功，受到朝廷嘉奖。