王崇古，字学甫，号鉴川，山西蒲州人，安庆、汝宁知府。喜论兵事，悉诸边隘塞，历任刑部主事、陕西按察使、河南布政使。为常镇兵备副使，击倭寇于夏港，升任右佥都御史，巡抚宁夏，“身历行阵，修战守，纳降附，数出兵捣巢”。隆庆初年，受任总督陕西、延、宁、甘肃军务，改总督山西、宣、大军务，力主与俺答议和互市，自是边境休宁，史称“俺答封贡”，“边境休息，东起延永，西抵嘉峪七镇，数千里军民乐业，不用兵革，岁省费什七”。《明史》谓“崇古身历七镇，勋着边陲”。
王崇古，由郎中始，历任安庆知府、汝宁知府，调任兵备副使。当时，倭寇是沿海地区的主要祸患，王崇古在常镇任兵备副使时，曾在夏港把倭寇打得大败，当倭寇逃走时，他率兵一直追至靖江，将其歼灭。以后，同俞大猷多次出海，袭击倭寇，立下战功，晋升为陕西按察使河南右布政使。
王崇古任右佥都御史，巡抚宁夏，他喜欢兵法，而且注重研究地形，到宁夏后，对边塞的各险要地势，大都作过调查。平时，他身先士卒，督修战守工事，做好边地防务工作，还注意侦察敌情，瓦解套寇。一遇有利时机就率领士兵主动出击，袭扰敌人的巢穴，由于王崇古采取了这些措施，套寇多次入侵其它地域，而“宁夏独完”，因镇守宁夏有功，王崇古晋升为左副都御史。
当时，河套一带为吉能所占，他们不断向内地袭扰，总督陈其学既无兵略之才，又无指挥之能，屡战屡败，不少将士白白牺牲。为了解除吉能对陕西、宁夏、甘肃的威胁，扭转不利局面，朝廷提拔王崇古为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督陕西、延宁、甘肃军务。王崇古一到任，采取一系列措施，重新作了部署安排。他把权力下放，要求抚臣用军法指挥战争，并绘成地图，拟定作战方案，分别交给赵岢、雷龙诸将。由于加强了防范，准备充分，加上指挥得力，因此，使边境局势逐渐好转。着力免袭扰河东一带时，他指挥大将雷龙偷偷出兵兴武，去袭击着力免的营寨，杀死和俘虏很多套寇。当吉能又一次犯边时，他迅速指挥边防部队前去阻击，并移营于白城子，同时令雷龙由花马池、长城关出兵，去进行攻击，结果大胜返而。
从河套以东到宣府、大同等边关之外，是吉囊的弟弟俺答、昆都力扎营放牧的地方，再向东到蓟镇、昌平以北的地区，吉囊、俺答的首领居住在那里，他们都很强盛。俺答又收留了叛贼赵全等人，占据古丰州地方，招募数万名逃亡的人，让他们建屋定居耕田，号称板升。赵全等人尊奉俺答为帝王，替他筑城池，造宫殿，同时修造自己的府第，仪礼宛如王者，将门题称开化府。他日夜教俺答练兵法，由东面攻入蓟、昌地区，向西劫掠忻、代地区，骑兵逼迫平阳、灵石，直到潞安以北。
骚扰边关达到三十年，边防大臣因为失利而被治罪的人很多，边患较陕西四镇为重，朝廷悬赏抓获赵全的人封官都指挥使，赏白银一千两，最终没有收获。边关的将士都贿赂敌寇谋求和平，有人还替敌人效劳，那些落入敌手又自己逃回的人，却被边军杀头冒功请赏，对敌情不知晓，但边军的动静敌人总是先知道。
王崇古统辖宣府、大同、山西地区的军务，王崇古禁止边军士兵擅自出关，却放出一向通敌的人深入敌营充当间谍。又发檄文慰抚少数民族和汉族陷落套寇的军民，率众来降或者自己逃回的人，全部进行安抚，回归的人接踵而来，西部少数民族、瓦剌、黄毛等一年之中有两千多人归降。
把汉那吉来投降，把汉那吉是俺答汗第三个儿子铁背台吉的儿子，从小失去父亲，由俺答的妻子一克哈屯抚育。长大后婚娶大成比妓，但关系不好，把汉自己聘娶了我儿都司的女儿，称为三娘子，也就是俺答的外孙女。俺答看到她美貌，抢夺了她，把汉愤恨，又听说王崇古正在接纳归降的人，当年十月率领妻子、儿女十多人归降。巡抚方逢时报告了此事，王崇古考虑趁此制服俺答，铲除赵全等人，将把汉等人留在大同，慰问安抚备至。
与方逢时上奏朝廷：“俺答在塞外横行了几乎五十年，威镇各部，侵扰边关。现在神灵厌恶凶残，使他众叛亲离，不远千里来投降，应该给予住宅，授予官职，使衣食丰盈，以便使他心中欢喜，严禁他们出入，以防备他们的欺诈。如果俺答到边寨来索取，就与他交易，责令他将赵全等逆贼绑缚送来，遣返被俘虏的人口，而后将把汉依礼遣返，为上策。如果他凶暴傲慢地兴兵动武，不理睬劝谕，就明白地告诉他准备杀戮他们，令他们屈服，俺答盼望他们活着回去，必然害怕我们处死他们。他意志被抑神情沮丧，不敢大肆逞强，然后再慢慢中了我们的计谋，是中策。如果他就将他们舍弃而不索求，就对把汉从厚优待，与他培养恩情和信任。他的部下陆续来降，将他们安置在塞下，指派把汉统辖，大略如同汉代在乌桓设置属国的做法。以后待俺答死了，他的儿子辛爱必然拥有部属。于是给把汉加封名号，命令他收集余部，自成一体。辛爱必然愤恨而争斗。他们两者相互僵持，则两者对我都有好处，如果他们互相仇杀，那么我们按兵不动，表示帮助。他们没有闲暇侵扰，我们就能休养生息，也是一种策略。如果依照旧例将他们安置到海滨，使俺答每天窥视南方，不断侵扰；或者将他们分配给各位将领，让他们随军立功，他们一向骄纵、富贵，不接受差遣，管制严了，必然产生怨恨，顿生逃离之心，最后遭受反咬的祸患，这都不是办法。”