当时,土蛮数次要求前来贡市,明朝关吏不允许,土蛮对此怨恨在心,再次以四万骑自前屯锦川营深入边内,李成梁命诸将加固城防,亲自督促参将杨粟等扼制蒙古入寇的要冲。适逢戚继光前来援助,蒙古很快退去,之后蒙古来袭也被李成梁击退。万历帝为表彰李成梁镇守辽东的军功,建石坊褒奖。
王杲的儿子阿台继续和明朝作对,辽东总兵李成梁进攻阿台所在的古勒寨。李成梁再度发兵攻打王杲之子阿台,努尔哈赤的父亲塔克世是王杲的女婿,塔克世与其父觉昌安前去古勒寨为明军劝降,因战事紧急被围在寨内。建州女真苏克素浒河部图伦城的城主尼堪外兰,在李成梁的指挥下诱阿台开城,攻破古勒山城之后进行屠城,觉昌安、塔克世也未能幸免。
塔克世虽属王杲一系,但已归附李成梁,却因此战死,实为李成梁与尼堪外兰故意为之。努尔哈赤对此极为不满:“我祖、父因为什么被害?你们都是我不共戴天的仇人!你们对此有什么说法?”李成梁自知理亏,后明廷将塔克世的土地、人马等送给努尔哈赤,令让他承袭都督指挥衔,以为补偿。努尔哈赤统一女真各部,建立后金之后,欲为报父祖之仇成为借口叛明的“七大恨”之一。
随着官场的不断发展,李成梁贵极而骄,奢侈无度,全辽的商民之利他都揽入自己名下,从此他结交权门和朝廷的官员。后来,李成梁为言官所劾,神宗竟从御史张鹤鸣的话,罢免了李成梁在辽东的职务,仅仅以宁远伯的身份朝见皇帝。之前,李成梁在辽东的时候所立的战功大多都是在塞外,很容易缘饰真实情况,如果敌寇进入内地,就以坚城清野作为依托,拥兵观望形势然后出击,甚至可以掩饰败绩变为功劳,杀良民冒充敌军的首级。