黄嘉善，字惟尚，号梓山，即墨城人，从小聪慧，学习勤奋努力，少年时入崂山石门西麓的上、下书院就读，饱读经史子集，精心体会治国安邦的道理，所作的文章流畅优雅，胸有韬略。成年后仪表端庄伟岸，风度儒雅，人品出众。
当时，朝廷的内阁首辅张居正，正颁行“考成法”加强吏治，改革税赋政策，将“一条鞭法”作为赋税制度推行全国。初入仕途的黄嘉善，认真落实“一条鞭法”，勘查户口重新丈量土地，使当地一些隐瞒土地、偷漏国税的富豪得到惩罚。同时，减轻了农民的负担，将叶县治理一新，很快被擢升为南直隶苏州府同知。
黄嘉善的父母先后去世，他回家守制，期满后调任山西平阳府丞。因黄嘉善过人的韬略，知府每遇难事，全靠他决策办理，时值“大同缺守，需干练者补之，众议非黄丞不可。”域内文武官员只知有黄嘉善，而不知有知府。
张居正死后，万历帝改弦更张，彻底推翻张居正的政治主张，他贪婪无度，大量攫取社会财富，不理朝政。由于朝政腐败，边防常因供给不足发生兵变，蒙古军队多次攻破长城深入山西的太原、甘肃的平凉烧杀抢掠。当时，大明国涉及国家安全的四大防御门户为宣府、大同、蓟州、辽东，是最难防守、最让朝廷头痛的重要据点，急需选择干练能臣前往镇抚，黄嘉善受命于危难之时，赴任大同知府。
初上任就遇上了兵变事件，黄嘉善了解了事情的过程后，只身单骑前赴叛军营中，当众以身说法，谕以大义，靠一身胆略和凛然正气稳定住局面，第二天将发动兵变的头目斩首，果断地平息了兵变事件。此后，黄嘉善在当地深孚众望，官吏、豪绅、百姓都十分推崇他的忠勇和大义，进一步整肃军队，巩固边防，“定藩禄，数军实，裁冗费，饬法坚正，一切治理威名流闻，虐中皆畏服之。”
黄嘉善，升山西按察使司副使兼左卫兵备，他整顿军纪，严加训练。一次，鞑靼首领集万骑，潜其寨下，窥探虚实，伺机入掠，黄嘉善侦知，命副将持酒食前去，曰：“闻大军远道而来，特备酒肉犒赏。”敌人惊知有备，酒食后散去，从此不敢轻易进犯，后黄嘉善升陕西布政司参政，仍任大同云中兵备，戍边二十年，为扞卫北部边疆作出了贡献。