不久之后，俞大猷水军就已经到达，俞大猷于冠头岭设伏兵伏击范子仪军，范子仪又侵犯钦州，俞大猷阻截范子仪军的战船，追打范子仪军，生擒范子仪的弟弟范子流，斩首一千二百级。俞大猷将范子仪军追到东云屯，传令莫宏瀷杀掉范子仪，莫宏瀷于是取范子仪首级来献给俞大猷。然而俞大猷讨平范子仪叛乱后，严嵩却将俞大猷的战功压下来不上报朝廷，只给了俞大猷五十两银子。
琼州五指山黎民那燕串通感恩、昌化黎民诸部共同反叛，欧阳必进又调俞大猷讨伐，并任命俞大猷为崖州参将。俞大猷与广西副将沈希仪前往征讨，斩首五千三百多人，招降三千七百人，战斗胜利后，俞大猷在征得欧阳必进的同意后单人匹马去与黎民约定，建立市镇，用治理汉人的方法治理黎民，海南一带得到安定。
倭寇进犯浙东一带，明世宗朱厚熜下诏调任俞大猷为宁波、台州诸府参将。当时，倭寇攻破了宁波昌国卫，俞大猷率兵击退敌人，倭寇又攻陷绍兴临山卫，并转攻至松阳，当地知县罗拱辰奋力抵御海寇的进攻，俞大猷在海上阻截敌人，取得较大的战果，但竟被朝廷以失事停俸。而后俞大猷又在海上击破倭寇，焚烧倭船五十多条，才恢复了俸禄的发放。
倭寇占据宁波普陀，俞大猷率军前往讨伐，将士们攻至半山，倭寇突然开城门杀出来，俞大猷军措手不及，武举人火斌等三百人被杀，俞大猷因此获罪，但朝廷仍让俞大猷继续攻打倭寇。不久之后，俞大猷在吴淞杀败倭寇，得以免罪，并赐银币，而后俞大猷又击败攻掠健跳所的倭寇，取代汤克宽苏松副总兵的职位。而俞大猷所领的兵力不足三百人，调集的各路兵马尚未到来，倭寇却有两万人的兵力，俞大猷寡不敌众，在金山被倭寇击败，总督张经让俞大猷出战，但俞大猷坚守按兵不动，等到永顺、保靖的援兵到来后，俞大猷才出战，于王江泾大败倭寇，但功劳却归于赵文华、胡宗宪，俞大猷因金山之败被降职。