淳于意，医术精湛，决断病人生死多有应验，医治病人能达到起死回生的奇妙效果，人们都说他是神医。一些地方官吏甚至朝廷官员，都想把他留在身边专门为官府服务。当时，赵王、胶西王都来请他去，他不肯依附权贵，采取迁移户籍和到全国各地行医的方法来推托，因此得罪了一些权贵。
有人向汉文帝告了一状，淳于意被判为肉刑，押解到都城长安，淳于意的小女儿缇萦，毅然跟随父亲去了长安，面见文帝，替父亲伸冤。汉文帝下诏免除了淳于意的刑罪，还废除了肉刑，缇萦救父的故事，成为历史上的一段佳话。从此淳于意彻底脱离了官场，专事于一心一意为民行医，救死扶伤的崇高职业。
淳于意不但是一个着名的医学家，而且是一位热心的教育家，他广收弟子，精心传授。有宋邑、冯信、唐安、高期、王禹、杜信等人，是秦汉时期文献记载中带徒最多的一位医家，为医学的广泛传播与发展做出了重要的贡献。医圣张仲景在《伤寒杂病论》序文中说：“上古有神农、黄帝、歧伯；中古有长桑、扁鹊；汉有公乘阳庆、仓公；下此以往，未之闻也。”
在淳于意被释之后，曾多次得到了文帝召见询问，详细陈述了自己的学医经过及为人治病的具体情况。而在这些答词中，他将自己遇到的典型病例进行整理，即为后世所称的“诊籍”。这是中国现存最早见于文献记载的医案记录，而且比西方诊籍的创立早数百年之久。在这些“诊籍”中，淳于意介绍了25个病例，记载了患者姓名、职业、里籍、疾病症状、脉象、诊断、治疗方式和预后推断等情况，从中反映了淳于意高超的医术。
淳于意在“诊籍”中不仅记录了自己的成功病例，也承认有诊断错误的时候，在应对汉文帝的询问时，淳于意坦率回答说：“我不是一个诊断完全正确的医生。”他在“诊籍”中还真实地报告了治疗效果：25例患者，有10例医治无效而死亡，这种对病历记载的认真和忠实态度，对于后世医家重视医案记录有很大的影响。
淳于意，活了七十多岁，他死后，被安葬在了南依群山，东临时水，风景优美的临淄夏庄村西南。