当时，贵戚近臣中很多人骄奢越僭，江充一一举报弹劾，还奏请没收这些人的车马，让他们到北军营待命抗击匈奴。汉武帝准奏后，江充即刻传文给光禄勋中黄门，对那些该去北军营待命的近臣侍中，告知门卫，禁止无令就出入宫廷。于是，贵戚子弟惶恐起来，都到皇帝那里叩头哀求，表示情愿出钱赎罪，汉武帝答允，令他们各自按俸禄地位到北军交钱，这次朝廷共得数千万钱。汉武帝觉得江充忠直，奉法不阿，言语也合心意。
江充外出，碰上馆陶长公主等人在驰道上坐车行走，就喝问为何如此放肆，馆陶长公主说：“是太后的诏命。”江充说：“只有公主可以，随从车骑都不行。”便把随从处罪，车马没收。江充陪随皇帝前往甘泉宫，正巧遇上皇太子刘据的家臣坐着车马在驰道上行走，江充抓了交官处置。刘据得知，派人向江充求情说：“我并非舍不得车马，只是不想让陛下知道了怪我平日不管教左右。希望您宽恕一次。”江充不理睬，径直上奏，汉武帝说：“作为人臣应当如此！”对他更加信任，江充真是威震京师，担任水衡都尉，亲族好友沾光的不少。后来，触法免职，曾有阳陵人朱安世控告丞相公孙贺的儿子、任太仆的公孙敬声干巫蛊害人之事，连累阳石、诸邑公主，公孙贺父子遭诛杀。
后来，汉武帝在甘泉宫生病，江充见汉武帝年老，担心驾崩后被刘据杀掉，因此设下奸计，上奏说汉武帝生病是由巫蛊作祟引起，汉武帝就让江充负责审查此事，江充指使胡人巫师到处挖掘，搜寻地下埋的偶人，又抓捕夜间祷祝和自称能见到鬼的人，还让人在一些地方泼上血污，假造祷祝现场，收捕验治那些被指控的嫌疑者，施加铁钳烧灼的刑法，强迫认罪。这样弄得人们互相诬指，各级官吏动辄判人大逆不道之罪，使牵连受害的前后数万人。
汉武帝年事已高，疑心左右之人都在用巫术诅咒他，到底有没有，没人敢为受冤者辩罪。江充揣摩到汉武帝心意，便谗言说宫中有邪气，先从后宫中皇帝很少理会的妃嫔入手，最后牵涉到卫皇后，并在太子宫中挖掘出一个桐木人。刘据惊恐，无法表明清白，捉住江充，亲临斩首，并骂道：“赵国的奴才，陷害赵王父子还嫌不足吗？又来害我父子！”并把那些胡巫也在上林苑中活活烧死。刘据自知闯下大祸，便矫诏发动兵马自卫，汉武帝在甘泉宫闻报，立命丞相刘屈氂调兵平乱。
于是，与太子两方在长安城中混战五日，死者又是数万人，使血流成渠。后来，太子兵败逃亡，旋被汉军围捕在长安东边的湖县泉鸠里，悬梁自尽了，太子良娣及二子一门皆被杀戮，只留下一个襁褓中的皇孙（汉宣帝），被廷尉监丙吉隐藏下来。卫皇后因有同谋之罪，御史大夫和丞相司直都因为是江充的上属，被定了失职罪，结果前者自杀，后者腰斩。司马迁的好友任安，时掌北军，他接到太子的命令后，闭营未肯出兵，视作判断敌情不明，存心观望，也被判了死罪。
这场大乱，史称“巫蛊之祸”，不仅白白死了好几万人，就连汉武帝自己也弄得骨肉相残。此后，巫蛊之事人们再也不信了，武帝自己也渐渐觉悟，知道是江充从中施诈术，乃命夷江充三族。又作“思子宫”，于卫太子被害处作“归来望思之台”，以志哀思。