小智、小雅、小遥和小胜四人带着欢声笑语，踏上了前往宝可梦中心的旅程。他们的心中充满了期待，尤其是小遥，因为她刚刚收服了一只活泼可爱的妙蛙种子，正迫不及待地想要与大家分享这份喜悦。
沿途的风景如画，但小智一行人的注意力却完全集中在了即将到来的分享时刻上。当他们终于抵达宝可梦中心，准备踏入那扇熟悉的大门时，命运的齿轮悄然转动，一场不为人知的阴谋正悄然展开。
火箭队的小次郎和武藏，这对总是寻找机会捣乱的搭档，这次竟然别出心裁地假扮成了宝可梦中心的修理工。他们利用高超的伪装技术，
悄无声息地混入了宝可梦中心，目标直指那台至关重要的精灵球传送机。经过一番精心改造，这台机器被赋予了新的“功能”——将传送的宝可梦直接导向他们的秘密基地。
然而，命运似乎并不打算让小智四人直接面对这场危机。当四人兴冲冲地进入宝可梦中心时，火箭队成员已完成了他们的布局，
并巧妙地避开了与小智等人的正面相遇，就像是两条平行线，在短暂的交错后各自前行。
小智首先拿出了手机，向远在家的母亲花子和小月报告了自己的平安与行程，分享着旅途中的点滴趣事。
小月兴奋地回应，并展示了自己波克基古进化成波克基斯，那华丽的身姿让屏幕前的每个人都为之赞叹。
小遥和小胜也不甘落后，他们分别拨通了小田卷博士和千里夫妇的电话，兴奋地展示着自己新收服的妙蛙种子。屏幕那头的亲人和朋友，都被这突如其来的好消息所感染，纷纷送上祝福和鼓励。
然而，这份和谐与喜悦并未持续太久。不久之后，宝可梦中心内突然传来了一阵骚动，原来是一位训练家发现自己的宝可梦在传送过程中被调包了！这一发现如同晴天霹雳，瞬间打破了之前的宁静与欢乐。
小智四人立刻意识到，这背后可能隐藏着不为人知的阴谋。他们迅速行动起来，利用自己的智慧和宝可梦的力量，开始调查这一事件。
而在这过程中，小遥的忙完这阵子也意外地展开了它们之间的“对战”——不过，这并非真正的战斗，而是两个小家伙好奇地互相探索、玩耍，用它们独特的方式为这场紧张的调查增添了几分轻松与趣味。