杨坚因岭南夷人、越人老是反叛，调令狐熙去总管桂州等十七州的军事，同意他随机行事，刺史以下官员，他可以按制度补授，给他军帐内人员五百人，赐他布帛五百匹，派人送给他家中用度，改封他为武康郡公爵。令狐熙到桂州，大施恩典，讲究信誉，那些部落首领互相说：“以前的总管，总以兵力相威胁，如今的总管以手教相告，我们怎能违背他呢？”于是相率归附。此前，州县梗阻，官员大多无法到任，在总管府处理政事，令狐熙派他们全部到任，为他们修建城邑，开设学校，汉人夷人都很感激，那里被称为大行教化。
当时，有个叫宁猛力的，与陈后主同一天出生，自称貌有贵相，在陈国时，已占据南海。平定陈国后，杨坚因便安抚他，就授他安州刺史，但他骄傲，恃其险阻，未曾参见总管等长官。令狐熙写信告诫他，说明与他交朋友的意思，他母亲有痰疾，令狐熙又送药物给她，宁猛力很感动，到总管府请求拜见总管，表示不敢为非作歹。
令狐熙因州县的名字多有相同的，于是上奏朝廷，请求改安州为钦州，黄州为峰州，利州为智州，德州为欢州，东宁为融州，杨坚都听从了。他在职几年，上表说：“我忝寄岭表，已经四年了，我的年纪，已经六十一了，才能既轻，任务又重，我很惭愧，很害怕，常想收起我的拙劣，避让贤才，以稍稍免一点官谤。但我所管辖的地方太大，安抚尤其困难，我虽未能马上革除夷人旧习，他们也慢慢地认识到皇朝的教化。但我以前就患消渴症，变得更严重，我的精力精神，很快就要全老了。我年轻时，尚且不如他人，何况如今老迈，疾病又重，怎能当此重任！请解除我的职务。”杨坚不许可，赐他一些医药。
令狐熙接诏，让交州渠帅李佛子入朝，李佛子想谋反，所以请求仲冬时再上路。令狐熙以为他只是想拖一拖，也就同意了，有人上朝告令狐熙受佛子贿赂，而放了他，杨坚听了很怀疑。不久，李佛子造反的信息传到京城，杨坚大怒，以为受贿是真的，就派使者抓令狐熙到京师来。令狐熙生性一向刚烈，郁郁不得志，到了永州，因忧愤发病而去世，时年六十三岁，杨坚余怒未消，于是没收他的家产。
行军总管刘方活捉李佛子，把他送到京师，说令狐熙实在没有贪赃受贿，这时杨坚才醒悟，于是召来令狐熙的四个儿子，让他们作官，他的小儿子令狐德芬，最为有名。