隋文帝对百官发作说：“应当将杨秀推到街市斩首，以便向天下百姓谢罪。”于是命令杨素、苏威、牛弘、柳述、赵绰等人，详细审问，严肃处理。太子杨广暗中令人制作木偶，写上隋文帝、杨谅的名字，丝绳束手，铁钉穿心，埋到华山下面，然后再让杨素装模作样挖出来，杨广又以杨秀的口气作檄文，说：“逆臣贼子，专弄权柄，陛下空守朝堂，一无所知。”然后陈述兵甲如何强大，说是要“指期问罪”，杨广把这篇“檄文”偷放在杨秀的文集之中。安排完毕，杨广将杨秀过失奏明隋文帝，隋文帝说：“天下难道有这样的事吗？”于是把杨秀废为庶民，软禁在内侍省，不得与妻子儿女相见，同时命令，派遣丑陋凶恶的婢女二人，供他驱使，受杨秀牵连获罪的有一百余人。
杨秀既被囚禁，愤懑不已，不知做什么才好，于是上表说：“我因为幸运，成为皇上的儿子，承蒙父母抚养长大，九岁就得到了荣华富贵，只知富贵享乐，从未忧惧过。我轻易地放纵我这颗愚笨的心，落到这个地步，我辜负父皇山岳一样高的大恩，心甘情愿地去死。不料天恩还可让我有余漏，到如今这地步，我才知道愚心不可放纵，国法不可触犯，我扪心问罪，真是来不及改过自新，我还想分身有术，竭尽余生，稍稍报答一下父母的养育之恩。但因神灵不保佑，我的福分爵禄完了，夫妻团聚，不可能了，只怕我长辞人间，永归地府，伏请父皇，赐我怜悯，在我死之前，让我与我的儿子见上一面，然后请你赐我一个墓穴，让我的尸骨有个去处。”
隋文帝因此下诏书，数落他的罪过，说：“你从地位上说，是臣又是子，从感情上说，与家又与国相关。庸、蜀是重要的地方，我让你去镇守，你却触犯纲纪，心怀恶意，幸祸乐灾。你小看皇宫和太子宫，等着这里发生灾祸，你容纳不法之徒，交结异端分子。我有什么不和，你便等着，指望我死了，你就起异心，皇太子是你的兄长，按长幼顺序也当立他。你却假托妖言，说他不能终其位，你装神弄鬼，又说你可惜不能入主东宫。你自称骨相不该当人臣，品德、功业应当皇帝，你胡说青城出圣人，想用自己当其位。你诈称益州出现了龙，假托是什么好兆头。你重述“木易”之姓，又修成都的宫室，胡说“禾乃”之名，以当“八千”年的皇运。胡编京师有什么妖异，以证明父亲兄长有灾，妄造蜀地有什么吉祥，以说明你有什么祥瑞。你哪里不想国家遭恶，哪里不想天下大乱？你还建造白玉王廷，又作白羽箭，你的服饰车马与天子无异，哪里像有我的样子？你纠集旁门左道，用符书压镇我和汉王。汉王和你，是亲兄弟，你却画他的形像，写上他的姓名，缚手钉心，枷锁木丑械。还说要请华山的慈父圣母的神兵九亿万骑，收杨谅的魂魄，闭在华山之下，不让魂魄散开。我对于你，是你的亲父亲，你却又说要请西岳华山的慈父圣母开化杨坚夫妻，让我们回心转意，欢欢喜喜。你又画我的形像，缚手撮头，还说请西岳神兵收杨坚鬼魂。如此这般，我如今不知道杨谅、杨坚是你的什么人？包藏祸心，图谋不轨，这是叛逆之臣的罪证。希望父亲遭灾，以此为幸事，这是贼子的毒心。怀着非分之想，对兄长放肆毒心，这是悖弟的行为。嫉妒小弟，无恶不为，无孔怀之情。你触犯国法，到了极点。你多杀无辜，这是豺狼的暴行。你剥削百姓，酷虐到了极点。你只求财货，这是市井小民的勾当。你专门侍奉妖邪，这是顽嚣的本性。你辜负了我的重托，是个不成器的东西。凡此十罪，灭天理，逆人伦，你都作了，坏到了极点。你还想免除祸患，长守富贵，怎么可能呢？”后来，隋文帝放松了对杨秀的看管，准许他与家人见面，同意他的儿子陪他共同起居。
杨广即位后，马上下令对杨秀严加看管，依旧禁锢他。宇文化及弑杀隋炀帝，想拥立杨秀为皇帝，宇文化及的左右臣僚，认为杨秀难以驾驭，不可立他，于是宇文化及下令，将杨秀及其诸子一并处死，翦除后患。