王珪多次进谏，深受太宗信任，改任黄门侍郎，兼太子右庶子，赐爵永宁县男。王珪请侍中高士廉向唐太宗呈递密奏，高士廉却将密奏扣下，因此获罪被贬，王珪以接替高士廉，代理侍中之职，并进爵永宁郡公。
王珪兼任魏王老师，负责教导魏王李泰，他以老师自居，坦然接受李泰的拜礼。当时，李泰请教忠孝之事，王珪道：“皇帝是你的君主，侍奉他要竭尽忠诚；皇帝又是你的父亲，侍奉他要竭尽孝心。尽忠尽孝可以树立自己，可以成就美名。汉东平王刘苍曾说：‘为善最乐’，希望你记住这话。”唐太宗得知后，高兴地道：“李泰可以不犯过失了。”王珪上奏道：“三品以上官员遇见亲王都要下车行礼，这不符合礼仪。”唐太宗不高兴的道：“你们为彰显尊贵，便轻视皇子吗？”王珪与魏征极力劝谏，唐太宗遂听从王珪的建议，削减诸王权势。
王珪拜相后，与房玄龄、李靖、温彦博、戴胄、魏征等人一同辅理朝政。一次，唐太宗对王珪道：“你可对房玄龄等人加以品评，并说说自己同他们比较谁更贤能？”王珪答道：“勤勤恳恳地报效国家，尽心竭力无所保留，我不如房玄龄；文武双全，出征可以为将，入朝可以拜相，我不如李靖；陈事进言详尽明白，上传下达忠实公正，我不如温彦博；解决繁重的困难，妥善处理各种问题，我不如戴胄；以谏诤为己任，希望皇帝跟尧舜一样圣明，我不如魏征。说到辨别清浊，疾恶奖善，我与他们相比，倒是略有长处。”太宗深表赞同，房玄龄等人也认为评价非常准确。
唐初公主下嫁，不行拜见公婆之礼。南平公主下嫁王珪之子后，王珪道：“如今皇帝圣明，行为举止都遵循礼制。我接受公主拜见，不是为自身荣耀，而是要显示朝廷的美德。”他和妻子端坐于上，让公主行拜礼，从此，公主下嫁，若公婆尚在，都要行妇礼。
王珪得病，唐太宗命女儿南平公主前去探视，又命民部尚书唐俭为他调理药剂饮食。不久，王珪病逝，终年六十九岁，唐太宗素服举哀，并命李泰率百官送葬，追赠他为吏部尚书，赐谥号为懿。