有人传言，说洛中将士皆幽州、朔方人，思乡心切，兵无战心。鱼朝恩却信以为真，屡次上言肃宗，请命李光弼率军攻取洛阳。结果邙山之战，官军大败，河阳、怀州失守，鱼朝恩狼狈逃回陕州，唐军收复洛阳后，封为冯翊郡公，开府仪同三司。唐代宗以雍王李适为天下兵马元帅，会集诸道节度使及回纥兵十余万于陕州，以进讨史思明，并欲以郭子仪为副元帅，结果又遭鱼朝恩等人“沮之而止”。
吐蕃兵进犯泾州，导致唐代宗出逃陕州，当时禁军离散，仓猝之际，一时难以召集，鱼朝恩率驻陕州军及神策军奉迎，军威方振。鱼朝恩以保驾有功，封为天下观军容使，并统率京师神策军，封为国子监事，兼管光禄寺、鸿胪寺、礼宾、内飞龙、闲厩使等职，进封郑国公。
鱼朝恩非常专权，好主观，一般的公卿不敢抬头看他，宰相大臣决定政事时，不先和他讲，他便瞪大眼睛说：“天下之事，怎么不由我？“因而皇帝很厌恶他。鱼朝恩的小儿子鱼令徽，才十四五岁，开始时在内殿当差，皇帝因为鱼朝恩的缘故，特赐绿衣。不到半月，鱼令徽和同列黄门侍郎争路，鱼令徽怕落在后面便往前挤，不知是谁误碰了一下鱼令徽的臂膀，他就急速跑回去告诉鱼朝恩说，因为他的班次在后，被同列者欺负，鱼朝恩大怒。第二天，在皇帝面前上奏说：“我小儿子令徽，职位在同僚之下，愿陛下特赐金腰带，以便超过别人。”不说要穿着绯红服，而要求着紫服。皇帝还没说话，鱼朝恩便命令管此事的人，捧来了紫衣，鱼令徽立刻向皇帝谢恩。皇帝虽然知道不能这样做，却强装笑脸对鱼朝恩说：“你儿子穿紫衣，扎金腰带，非常合适。“鱼朝恩在朝中肆无忌惮，无所畏惧，都是强加于人，与他小儿子争道的黄门，不久便放逐岭南。
鱼朝恩，慑服百官，不把皇帝放眼里，贪贿勒索，置诏狱于北军，人称地牢，迫害无辜。宰相元载密奏请杀鱼朝恩，并以重金贿赂鱼朝恩亲信周皓、皇甫温二人，暗中观察此人。寒食节的时候，皇宫举行宴会，宴会结束后，鱼朝恩准备回家之际，唐代宗刻意挽留下来讨论事项。等鱼朝恩一到，唐代宗便责难他图谋不轨，鱼朝恩为自己辩护，此时周皓将之擒获，缢杀于内侍省。