泾原兵变爆发，德宗仓皇逃往奉天，萧复和文武百官扈驾随行，德宗嫌弃奉天狭窄鄙陋，欲前往凤翔依靠张镒，萧复听闻后立刻面见德宗，说：“陛下大误！凤翔大多都是朱泚的旧兵，如今朱泚叛乱，凤翔一定有与其同谋者。臣尚且担忧张镒，又岂能以圣驾踏上不测之渊！”德宗说：“我已经决定了，但我会停留一日来验证你说的话。”次日，张镒被李楚琳所害。
萧复以朝议大夫、守户部尚书兼御史大夫，充荆襄江西等道都元帅统军长史、丰县开国公、赐紫金鱼袋的身份被任命为吏部尚书、同中书门下平章事，散官封赐如故。萧复和刘从一、姜公辅二人同时成为实质宰相。
德宗欲将军权委任宦官，萧复表示反对，他上奏道：“自国家艰难以来，以宦官为监军就已经宠信过度。这些人只能管理宫廷事务，而不能参与军机要事。”德宗不悦，请别对，萧复又继续说：“陛下刚继位时，圣德光辉照耀，自从起用了杨炎、卢杞，他们亵渎了朝政，以致今日的局面。如果陛下能够改变之前的做法，臣怎么敢不竭力？倘若让臣阿谀奉承、苟且偷生，臣实在不能。”后卢杞与萧复在德宗面前对奏，卢杞谄媚德宗，萧复正色说：“卢杞言辞不正！”德宗愕然，对左右道：“萧复轻视朕！”
德宗以萧复为门下侍郎、同平章事，派遣萧复前往山南、荆南、湖南、江西、鄂岳、浙江东西、福建等道宣慰，实际上，这是德宗疏远了萧复。
就在萧复准备前往江淮时，宰相刘从一和部分官员上奏请求留下萧复，德宗对时任考功郎中的陆贽说，当初准备选择一位官员前往江淮宣慰，宰相们都觉得萧复久任外州刺史，在列位宰相中名望最高，是最合适之人。本来已经商量好了，萧复也没有意见，可是现在刘从一等人又请求留下萧复，德宗怀疑这是萧复不肯前往江淮，而指使刘从一等人上奏。