灵佑终于来到了潭州西北的大沩山开辟道场，只见此处山深林密，虎狼出没，荒无人烟。初来乍到的灵佑孤身只影，生活极为艰难，搭茅庵蔽身，杂于猿猱中，仅靠采集野果野菜充饥度日，即便如此，他“非食时不出，凄凄风雨，默坐而已，恬然昼夕”一派安贫乐道，随缘度春秋的行持风范。所谓“山不在高，有仙则名”，时间长了，山下的民众逐渐被他所感化，纷纷前来归依并合力建造寺院，营造一方人间净土。稍后，大安上座等僧人也陆续前来投奔亲近，由此常住人员越来越多，至会昌法难之前，沩山住众已有相当的规模。在此过程中，也得到了时任潭州刺史、湖南观察使的裴休的敬信与支持。
武宗李炎“毁寺逐僧”，会昌法难的到来，整个汉地佛教遭到了沉重的打击推残，尽管当时潭州地区属于消极执行这一政策的地方，僧人得到较大的宽容庇护，但大势所趋，灵佑只得把僧众遣散，与大安等弟子用布裹头，藏匿于民间。户部侍郎兼诸道盐铁转运使裴休自己的车舆迎请灵佑，并“亲为其徒列”，恳请他再次剃发现出家僧宝相，继续为人天师，领众住持沩山道场。
此后，灵佑又先后得到山南东道节度使、检校户部尚书、襄州刺史李景让以及湖南观察使崔慎由的敬信和护持，寺宇重修后，奏请朝廷，赐名为“密印寺”。之后，沩山禅风大振，四方来山寻师访道的僧人渐多，住寺僧众达1500人。灵佑坚持按照《百丈清规》“一日不作，一日不食”，要求他们边学禅边垦荒种田，亲自给他们讲经。
在带有老庄化、玄学化的中国禅宗理论基础上，创造性地总结出一套别具风格的接引方式，造就大量禅学人才，其中能为法嗣的有40余人，而以仰山慧寂和香严智闲最为突出。
灵佑敷扬宗教凡四十余年，圆寂，享年83岁，着有《沩山警策》、《潭州沩山灵佑禅师语录》各1卷传世。其时担任四镇北庭行军、泾原渭武节度使、检校右散骑常侍等职的卢简求为他撰碑，并由着名诗人李商隐题写了碑额，朝庭赐谥“大圆禅师”尊号及“清净”塔额。