郑畋与众宰相在中书省商议起草诏书时，又对卢携道：“贼军百万，横行天下，国家的安危全靠我们几个人来谋划。高骈消极作战，养寇自重。您想依靠于他，我不知道将来结局会怎样。”卢携拂袖欲走，结果不慎将袖子甩到了桌案上的砚台里，气得将砚台扔到地上，唐僖宗闻之大怒，认为宰相相争难为天下表率，将二人全都免去宰相之职，贬为太子宾客，分司东都。
黄巢率大军由岭南北上，直趋江淮，高骈却只是遣军固守要冲之地，自己坐守淮南，放任乱军过境。唐僖宗想起郑畋说过的话，便将他召回长安，任为礼部尚书，后又出为凤翔陇右节度使。唐僖宗因黄巢大军逼近长安，弃京出逃，西奔成都，黄巢占据长安，随即便在长安称帝，建立大齐政权，并遣使四处招降唐朝官吏。
唐僖宗西逃途中，在斜谷遇到前来迎驾的郑畋，郑畋号哭请罪：“社稷至此皆是将相误国，请陛下斩臣以谢天下。”唐僖宗忙抚慰郑畋，让他坚守要冲阻止乱军西进，郑畋则以“道路艰虞，奏报梗涩”，索要便宜行事之权，唐僖宗允诺。
郑畋返回凤翔后，召集军府将吏，商议讨贼之事。诸将皆认为贼军势大，建议等各地勤王军队云集再做打算，郑畋怒气填膺，以致晕倒在地，后虽被救醒却始终无法发声。黄巢的招降使者恰于此时抵达凤翔，监军彭敬柔竟以郑畋的名义起草谢表，表示归顺黄巢，并设宴款待来使。席间，诸将皆哭，来使非常奇怪，幕僚孙储道：“郑相公因风痹不能前来，我们都很悲伤。”
郑畋后来得知这一状况，认为人心尚未厌唐，于是召集将佐，晓以大义，终于得到诸将的支持。他刺破手臂，与诸将歃血为盟，并趁机修缮城池，整治军械，训练士卒，同时秘密联络周边各藩镇，相约合力讨贼。前朔方节度使唐弘夫、泾原节度使程宗楚等皆各率所部，抵达凤翔。