在这期间，僖宗得到了喘息，他利用川中的富庶和各地的进献，组织对黄巢的反扑。义武镇节度使王处存、河中节度使王重荣等积极组织对黄巢的打击，出身沙陀族的河东太原李克用也率兵入援以助朝廷，尤其是被僖宗委以京城四面行营都统的凤翔节度使郑畋，得到了“便宜从事”的权力，更是积极组织围攻长安的黄巢。后来，宰相王铎又被任命为诸道行营都统来发动对黄巢的进攻，原来首鼠两端的藩镇，也开始为了自己的私利而主动对朝廷表达忠心。
起义军由于自身存在弱点，加上军粮不足，内部发生了分歧和分化，一些将领接受了朝廷招安，形势发生了逆转。黄巢派驻同州重镇的防御使朱温投降，僖宗大喜过望，认为是“天赐我也”，赐名朱全忠。
起义军在唐朝官军的反扑下，被迫退出长安，最后力尽兵败，黄巢在山东泰安的虎狼谷中自杀而亡，经过黄巢起义军的打击，唐朝数百年的基业已不复旧貌。此时，李昌符据凤翔，王重荣据蒲、陕，诸葛爽据河阳、洛阳，孟方立据邢、洺，李克用据太原、上党，朱全忠据汴、滑，秦宗权据许、蔡，时溥据徐、泗，朱瑄据郓、齐、曹、濮，王敬武据淄、青，高骈据淮南八州，秦彦据宣、歙，钱镠据浙东，他们都是各擅兵赋，迭相吞噬，朝廷不能制，成为实际上的地方割据势力。朝廷所能够控制的地区不过河西、山南、剑南、岭南西道数十州而已。
僖宗自川中启程，重返长安，数年惊魂还没有来得及稳定，便又遭遇了新的动荡。宠信的宦官田令孜因企图从河中节度使王重荣手中夺得池盐之利而与之交恶，田便联合邠宁节度使朱玫和凤翔节度使李昌符向王重荣开战。王重荣求救于太原李克用，二人联手大败朱玫和李昌符，进逼长安，神策军溃散，田令孜无奈再次带领僖宗逃亡到凤翔。