秦裴随李神福围攻鄂州，武昌节度使杜洪求救于宣武节度使朱温。朱温命部将韩勍领兵援救杜洪，并让荆南节度使成汭一同出兵。成汭亲率舰队赴援鄂州，却在君山被秦裴击溃。秦裴缴获荆南军战舰二百余艘，逼得成汭投江自杀，韩勍亦撤军。不久，宁国节度使田頵在宣州起兵叛乱，杨行密忙命李神福回师平叛，秦裴在吉阳矶击败田頵，因功加授诸军都尉。
杨行密在平定田頵之乱后，再次出兵攻打杜洪，并最终攻破鄂州，擒杀杜洪，兼并了武昌军，秦裴随军征战有功，升任升州刺史。
杨行密病逝，由其子杨渥袭位，杨渥任命秦裴为西南行营都招讨使，攻打镇南节度使钟匡时。秦裴攻破洪州，俘虏钟匡时，杨渥由此兼并了镇南军，自领镇南节度使一职，以秦裴为洪州制置使。
左右牙指挥使张颢、徐温因杨渥日益骄横，密谋作乱，他们诬称秦裴麾下的朱思勍、范思从、陈璠谋叛，命别将陈佑前往洪州，在秦裴的军帐之中将三将处死。杨渥欲诛杀张颢、徐温，却在他们抢先发动的兵变中被控制，张颢、徐温自此把持了吴国军政大权。秦裴因三将之死一直郁郁不自得，张颢担心秦裴生变，便将他召回广陵。当时，鄂岳观察使刘存率大军攻伐湖南，却在浏阳河口兵败被杀，秦裴此时刚行至湖口，又被授为鄂岳观察使，接替刘存镇守鄂州，防备湖南。
徐温与张颢弑杀杨渥，拥立其弟杨隆演，随后又杀死张颢，独自掌控了吴国军政大权，秦裴前往广陵，觐见杨隆演，被加拜为武昌军节度使，不久因病返回广陵，途中病逝于湓中，终年五十九岁。