在东京的霓虹灯下，夜晚的喧嚣与白日的忙碌形成鲜明对比。街道上，人们匆匆忙忙，似乎都在追赶着什么。而在这座城市的阴影中，有些不为人知的秘密正在悄然发生。
故事的主角是名叫佐藤大辅的年轻侦探。他以敏锐的直觉和出色的推理能力在侦探界小有名气。这天，他接到了一个异常的委托：调查一起发生在东京的神秘失踪案件。
失踪的是一名名叫山田雅美的女性，她是一名普通的图书管理员。山田雅美在一周前突然消失，没有任何预兆。她的家人和朋友们都无法找到她的踪迹。警方调查了所有可能的线索，但依然一无所获。佐藤大辅对此感到好奇，决定接手这个案件。
在调查的过程中，佐藤大辅发现了一些不寻常的线索。山田雅美失踪前一天，她曾接到一个神秘的电话。电话中的声音低沉而模糊，似乎在告诉她某种秘密。第二天，她便消失在了东京的街头。
佐藤大辅决定从山田雅美的同事和朋友们那里寻找更多线索。他首先拜访了山田雅美工作的东京都中央图书馆。图书馆坐落在东京的繁华地段，但图书馆的内部却显得异常安静。佐藤大辅在图书馆里找到了山田雅美的同事，一位名叫佐藤绫子的图书管理员。
佐藤绫子是一位温柔的女性，她对山田雅美的失踪显得非常痛心。她告诉佐藤大辅，山田雅美失踪前曾经提到过一个叫做“夜行列车”的传说。据说，这是一辆在深夜行驶的神秘列车，专门运送那些被选择的人到一个不为人知的地方。佐藤绫子说：“雅美那天晚上显得非常害怕，她说她觉得自己好像被选中了。”
佐藤大辅感到困惑，他不确定这个传说是否和山田雅美的失踪有关。但他决定深入调查这个“夜行列车”的传说。他开始在图书馆的档案中寻找相关的资料，发现这个传说其实有着悠久的历史，最早可以追溯到日本平安时代的“百鬼夜行”。
随着调查的深入，佐藤大辅发现这个传说并非只是简单的民间故事。越来越多的证据表明，这个传说背后隐藏着一个巨大的秘密。而这个秘密，可能与山田雅美的失踪有着直接的联系。
在东京的另一角，一名名叫铃木正树的年轻男子无意中听到了佐藤大辅的调查。铃木正树是一名普通的上班族，但他对灵异现象有着浓厚的兴趣。他决定帮助佐藤大辅，一起揭开这个神秘传说的真相。
铃木正树和佐藤大辅开始一起调查这个传说的来源。他们发现，这个传说不仅在东京流传，还在其他城市如大阪、京都等地广泛流传。他们决定前往这些城市，寻找更多的线索。