在一本破旧的地方志中，王大刚发现了一段记载：几十年前，这个隧道曾发生过一起严重的塌方事故，一名年轻的女子在事故中不幸丧生。她的遗体被深埋在隧道中，从此再也没有被找到。女子的家人悲痛欲绝，他们相信女子的灵魂一直被困在隧道里，无法安息。
王大刚意识到，叶子和其他受害者的悲剧可能与这个女子的灵魂有关。他决定举行一场超度仪式，希望能够安抚她的灵魂，让她得到解脱。
在月圆之夜，王大刚带着佛珠和一些祭祀用品，再次来到了隧道口。他按照传统仪式，点燃了香烛，摆放了供品，然后开始念诵经文。随着经文的念诵，隧道内似乎有一股不寻常的气流在涌动，佛珠上的光芒也越来越亮。
突然，一阵冷风吹过，隧道内传来了女子的哭泣声。王大刚感到一股强烈的悲伤和不舍，但他坚定地继续念诵经文，希望能够引导女子的灵魂离开。随着时间的推移，哭泣声逐渐变得平和，最终消失在夜空中。
当一切恢复平静，王大刚感到一种前所未有的轻松。他相信女子的灵魂已经得到了解脱，不再徘徊在隧道中。他将佛珠留在了隧道口，作为对女子的纪念。
王大刚超度仪式的成功，让他确信那个女子的灵魂已经得到了安息。但当他回到村子时，却发现村民们对他的行为议论纷纷。有些人认为他打扰了亡魂的宁静，有些人则怀疑他是不是在掩盖什么不为人知的秘密。
面对村民们的质疑和不信任，王大刚没有选择逃避，而是决定站出来，向他们解释自己的所作所为。他召集了全村的大会，详细讲述了自己在隧道中的发现，以及超度仪式的整个过程。他坦诚地表达了自己对叶子和其他受害者的哀悼，以及对村庄安全的担忧。
王大刚的真诚打动了村民们，他们开始理解并支持他的做法。一些村民甚至主动提出要帮助改善道口的安全措施，防止类似的悲剧再次发生。在王大刚的带领下，村民们一起努力，为道口安装了警示标志和围栏，还在附近设立了看护人员。
随着时间的推移，豆妪站逐渐恢复了往日的平静。村民们不再害怕那个道口，孩子们也能安全地在铁路附近玩耍。王大刚的努力没有白费，他不仅平息了一个幽魂的怨气，也为村民们带来了实实在在的安全和安宁。
然而，王大刚知道，这个世界上还有许多未知的事物等待人们去探索和理解。他决定继续担任站长，同时也成为一名守护者，守护着豆妪站和村民们的平安。
故事以王大刚的坚守和村民们的团结互助作为结尾。《铁路悲魂：豆妪站长的诡秘档案》不仅是一个关于悬疑和惊悚的故事，更是一个关于勇气、理解和宽恕的故事。王大刚和豆妪站的村民们用他们的行动证明了，即使在面对超自然的力量时，人性的光辉也能够照亮黑暗，带来希望和安宁。