1601 年，荷兰东印度公司趁虚而入，将其纳入殖民版图，并重命名为纳土纳群岛，此后进行了长达 340 年的殖民统治。
二战结束后，国际局势历经沧桑巨变，那五个由日本扶植起来的伪政权随着战争阴霾的消散而土崩瓦解成立了新政权，但没有任何一个国家妄图就纳土纳群岛向华国提出主权诉求。
但是后来的亚齐共和国和加里曼国都对阿南巴斯群岛、淡美兰群岛、巴达斯群岛的主权提出要求，但是在绝对的实力面前只能过过嘴瘾而已。
毕竟荷兰占领荷属东印度群岛之前，整个荷属东印度群岛群岛在一定程度上处于较为分散的状态。也没有形成统一的国家，各岛之间在政治、经济和文化等方面存在较大差异，联系不够紧密，整体处于相对分散的局面.
这个时候群岛上基本都是孤立的，苏门答腊岛上有亚齐苏丹国。加里曼丹岛上有兰芳共和国，苏拉威西岛上有波尼国和戈瓦国，爪哇岛上的马塔兰王国和万丹国。荷兰陆续消灭这些国家后对其占领的岛屿进行合并式管理。
从经济角度而言，这片区域自然资源极为丰富，石油、橡胶、锡等宝藏遍地。将各个岛屿统一管理，荷兰得以构建起一套高度集中且高效的资源开采与输出体系，确保源源不断的原料能够便捷地运回本土，满足其工业发展需求，极大地推动了荷兰国内的经济腾飞，为荷兰成为当时的海上贸易强国奠定了坚实物质基础。
政治层面，建立统一的管理架构能够强化荷兰的殖民统治权威。通过任命各级殖民官员，推行荷兰律法，在各个岛屿消除本土势力的反抗，稳定政治秩序，让荷兰在远离本土千里之外的地方也能牢牢掌控权力，使得这片遥远的殖民地如同荷兰海外的直属领地一般稳固。
在交通与贸易上，荷属东印度群岛岛屿众多，若各自为政，贸易往来与交通联络势必杂乱无章。合并管理后，荷兰大力发展海上航运线路，将各个岛屿的港口串联起来，既方便了物资运输，又促进了岛内贸易交流，以巴达维亚（今雅加达）等为核心枢纽，打造出一个繁荣的殖民贸易网络，使得荷兰在东南亚的贸易版图得以稳固扩张。
军事防御方面，统一管理能让荷兰更有效地调配军事资源。在各个战略要地部署军队，应对来自外部的竞争势力，如抵御葡萄牙、英国等其他欧洲列强的觊觎，以及镇压岛内时不时爆发的本土反抗运动，保障殖民利益不受侵害，维持其在东南亚的殖民霸权。
所以日本人把荷属东印度群岛分散管理，大多数当地人都没有意见，这背后实则有着复杂的缘由。