攻占了京城之后，李自成出兵山东，号称拥兵二十万的山东总兵刘泽清不战而逃，准备前往淮安。
山海关的吴三桂刚刚整军，就听到京城被破，崇祯帝自缢的消息。
接到圣旨的卢象升，连夜率领他的抚标营两千人北上勤王，刚出苏州府的地界，也得到了这一消息。
卢象升痛哭流涕，下令全军缟素，继续北上，意图收复京师。
就在此时，凤阳守备太监卢九德的使者赶到了，希望卢象升和他一起拥立福王登基。
作为巩永固一系的卢象升，他当然知道永王朱慈炤就在松江府。
但考虑到朱慈炤的安全，他没有提及永王的存在，而是言辞拒绝拥立福王，并放下豪言：“先帝之子尚在人间，谁若立外人，本抚必杀之！”
卢象升当然不知道，南京六部的官员们获闻李自成率领大军向北京进军之时，他们敏锐地察觉到局势的严重性，内心深知京师极有可能难以守住而会沦陷。
鉴于此，为了能够妥善地应对这一极有可能出现的糟糕情况，他们未雨绸缪，预先就做好了从海路迎接太子前来南京进行监国的周全准备。
在这段期间里，由于各种复杂的状况导致音信严重不通畅，南方的官员们根本无法获取到任何关于崇祯帝和太子的哪怕一丝一毫的准确消息。
曾有消息传言说崇祯帝已经乘坐舟船沿着海道南下而来，并且太子也已然成功逃出。然而，后来他们得知崇祯帝已经自缢身亡，三个儿子全都下落不明。
于是南京六部官员筹划拥立新帝，他们认为可拥立的对象是福王朱由崧。
至于潞王朱常淓、桂王朱常瀛不但血缘关系隔了一层，连辈分也要大崇祯一辈。
从血统来看，福王朱由崧与崇祯帝同是万历帝的孙辈，是除了崇祯帝三个儿子之外的最佳继承人。
但是由于东林一系的官员曾经强烈反对万历帝册封老福王朱常洵为太子，一旦福王朱由崧继统，他们害怕朱由崧会重翻旧案，报复自己。
如果这样，那么他们的结局就只能是被踢出权力中心，从此东林党大权旁落，在政治上彻底失势。
前礼部侍郎钱谦益、南京兵部侍郎吕大器以朱由崧有“贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司”七种不可立的理由，强烈反对立朱由崧为帝。
南京右都御史张慎言、詹事姜曰广支持他们的看法。
他们推出万历帝的侄子、潞王朱常淓，认为朱常淓贤明，当立为帝。
兵部尚书史可法认为拥立潞王会引发天下大乱，但不敢公开反对。
幕僚认为凤阳总督马士英直接节制着高杰、黄得功等总兵，若是得到马士英的支持，无疑会取得这几支军队的支持。
史可法与马士英在浦口秘密会晤，史可法表示为大局计，不如既不选择福王朱由崧，也不倾向于潞王朱常汸，而是远赴广西梧州，寻找桂王朱常瀛登基。
马士英当即答应了。
然而，隔天晚上，凤阳守备太监卢九德突然造访，他言辞恳切地劝说马士英应该选择拥立福王。