命孙传庭调集登莱的第三军一部入山东戡乱。同时出兵侧击建奴。
其余各军于辖区严阵以待，各地官员需将新政传达到位，每个村镇都需要派人反复宣读，务必保证新政顺利推行。
廉政公署需加强对北方各地官员的监察。如此敏感时期，切不可让官员有害民之举发生！”
“臣等遵旨！吾皇圣明！”
见朱由检拍板，众人纷纷躬身应和。旋即，朱由检再度说道：
“如今外朝的官员抓的抓，跑的跑，也没剩下几个了，加上如今人手紧张，咱们干脆就趁着这个机会，将内外朝合并一下，有些机构的职能再做一些调整。朕这里有一些想法，大家一起来商讨一下…哦，对了，记得把那些个官员的家产都收上来，嗯，别忘了还有山东孔氏那狗大户…”
随后，朱由检便与众人商议起了内外朝合并一事。
很快，在众人商议，朱由检拍板之下，内外朝合并完成，内阁地位不变，吏部，户部，兵部职能完善，并未有大的变更，只是出于专业对口方面的考虑，今后兵部人员将逐渐由军队人员升迁担任。
内帑回归本职，将税务司，市舶司权限移交户部，专职打理皇家产业。今后的军费将采用兵部核算，户部核准，内帑发放，内卫监督的形式，四部门相互制衡，责任到人，最大限度的杜绝贪污军饷的情况发生。
工部今后主要负责规划全国建设，兴修水利，疏通河道，道路建设，等等…
刑部今后主要负责全国案件的复核，包括死刑。审判权移交三法司独立执行。
都察院与廉政公署合并，主要负责对官员的弹劾与证据收集。各地逐渐建立三法司分部，将各地府衙的审判权剥离出来，形成官府抓捕，廉政公署起诉，三法司审判的格局。
礼部职能暂时作为礼仪型机构，负责祭祀，接待外宾，教授礼仪等。
增设教育部，将国子监划入教育部，负责统管所有学院教育资源，包括在各地开设学院，教师选拔与考核，教材审定，教师工资审计申报等等。
增设商部，负责统管审核天下商业，包括各地商户，商会以及对外贸易，商税核准等等。
改五军都督府为军部，独立于内阁之外，直接对皇帝负责，除禁卫军之外，节制天下兵马。军部下设后勤部，幕僚部，情报部，军法部，军备部，同时节制兵部。所有武勋统一由军部安置，厉行军功制，无能者直接安排…退休。