在王恕的私信中最后还转达了皇上的几个意思，西南之事对朝廷的紧迫，当初免去平安伯爵位是临时找的借口，早日从诏狱中出来，如今新朝新政，众正盈朝，有意起用能臣忠吏为朝廷办事。章子俊因政绩突出，被越级提升为翰林学士，后又献良种，兴商办学为朝廷贡献巨大，故而加封为平安伯，又在任内平息瘟疫。下江南救灾后又平定榆林寇乱驱赶鞑靼扰边，牧守边关大功也。
这是皇上给章子俊背书，也是让章子俊没有后顾之忧，好解决朝廷西南之民乱。在王恕跟章子俊的关系上，章子俊一直不卑不亢，反而王恕对章子俊有点讨好的嫌疑，这其实很正常，因为王恕跟章子俊之间还发生过一段心照不宣的“合作”，那叫一个配合默契，从此王恕把章子俊当成了自己的学生一样对待，成了“心腹”之人，要不然王恕也不会处处为章子俊开脱，说好话，现在朝中都知道这一次章子俊的“升官”都是王恕的人脉关系。
当初宦官王敬携同妖人千户王臣南行收罗药物、珍玩，所到之处骚扰不安，县令很多被侮辱。王敬一行到了苏州，召诸生写妖书，诸生群情激奋。王敬奏告诸生违抗命令。王恕急忙上疏说：“正值灾年，应该遣使赈济，王敬反而横蛮地索取珍玩。以前唐太宗暗示梁州献名鹰，唐明皇命令益州织半臂褙子的异服，献琵琶杆拨子、镂牙合子这些东西，李大亮、苏颋拒不奉诏。臣尽管比不上他们，却王敬慕李大亮这样的人。”接着把王敬等的罪状全都一一列出。
接连被王恕对着的王敬当然咽不下这口气，也诬奏王恕，并牵涉逮捕了常州知府孙仁。王恕上书直言救孙仁，差点下诏狱，这是王恕三次上疏弹劾王敬。
正在此时，因庐州迟迟没有上缴分摊银，还被庐州知府章子俊吩咐各县官，直接把前去收银的内官给轰了出来，王敬实在气不过，亲自前往庐州讨说法，不想半道在洞庭湖边小镇碰到“贼人”火枪打中，当初一顿慌乱，也不知王敬死活，急急离开回了京城，正在此时，从庐州来的紧急公文送到了王恕案桌上，里面就是章子俊的亲笔，没有遮遮掩掩，直接了当地说道，王敬不死也重伤，可保江南一时太平，如果朝廷要追查，王公可把这事全部推给平安伯吾来担着，不会让南京以及王公背黑锅。
当时王恕一看有人替自己出了口恶气，却是庐州知府平安伯章子俊，很是感动，可王恕也是书呆子，就受不了有人比自己还硬刚，因为但凡书读多了，会有自己的一套理论，王恕的理论是关于“天理”“人欲”关系，王怒持对立论，认为天理人欲相为消长，有天理即无人欲，有人欲即无天理。在经济思想方面，王怨批驳了企图恢复井田制的主张，认为井田之法令不可行。王怨于儒家经典及传注，每有新解。认为《论语·子罕》篇颜渊唱然叹曰：“仰之弥高，钻之弥坚，瞻之在前，忽焉在后”，系颜渊“言己不定见，非圣道之有高坚前后也”。谓朱熹《四书集注》以为系颜渊深知孔子之道无穷尽、无方体而叹之为“非是”。认为《春秋》系孔子根据左丘明所作鲁史而撰写，非左丘明据孔子所修《春秋》而作传。
关于心性问题，王恕认为，性乃天之所命，人之所受，性即天理之流行，因而性是善的，顺理而善者为性之本，不顺理而恶者非性之本。他不同意“已然之迹便是性”的说法，认为已然之迹已经有善有恶，故不能称为性。王氏言性，似乎排除了“气质之性”，而将其归结为纯善的天理之性。王恕认为性之理“甚微”，故当“尽心而穷究之”。“尽心”在“知性”之前，为“知性”的途径，所以他提出朱熹《四书集注》称“知性乃能尽心”为“不无颠倒”。
还成立三原学派，三原学派大抵推之事为之际，重在自得，不尚空谈，并注重气节。王恕认为，古之学者皆以言行为学，故无求饱求安者，志在敏事慎言；就有道而正之，正其所言、所行之是非，是者行之，非者改之。将学与行紧密结合为一体。