此时的张居正已经入朝两年了，他看到了夏言之死，看到了内阁的争权夺利，更看到了朝廷的政治腐败和边防废弛。
这一年，张居正以《论时政疏》首陈“血气壅阏”之一病，继指“臃肿痿痹”之五病，系统阐述了他改革政治的主张。但奏疏却如石沉大海，没有任何反响。
此后，在嘉靖一朝，除例行章奏以外，张居正没再上过一次奏疏。埋头于翰林文章，对于时政，再不更置一辞。
嘉靖二十九年春间，张居正请假回江陵一次。当张居正回京的时候，正好遇上了着名的庚戌之变。
明嘉靖二十九年（1550年）六月，鞑靼土默特部领袖俺答汗率军犯大同。大同总兵仇鸾重赂俺答，请求勿攻大同，移攻他处。明世宗即拜仇鸾为大将军，节制诸路兵马。兵部尚书丁汝夔请问严嵩如何战守？严嵩说塞上打仗，败了可以掩饰，京郊打仗，败了不可掩饰，俺答不过是掠食贼，饱了自然便去。因而丁汝夔会意，戒诸将勿轻举。诸将皆坚壁不战，不发一矢。于是俺答兵在城外自由焚掠，凡骚扰八日，于饱掠之后，得到明朝通贡的允诺，仍由古北口退去。因这年是庚戌年，史称“庚戌之变”。
整个庚戌之变期间，“诸州县报所残掠人畜二百万”。其后明世宗追究责任，兵部尚书丁汝夔作为严嵩、仇鸾一党的替罪羊而被处斩。
经过这一次变故，张居正彻底看清了大明朝的军备如何废弛，朝政如何败坏，嘉靖如何昏庸，严嵩如何误国。
张居正是翰林院官员，在明朝，翰林院是培育高级文官的摇篮，明代大学士均出自翰林，有所谓“非翰林不入内阁”的说法。但翰林院官员本身确实彻底的闲官，没有任何实权，做的都是寻章摘句的工作。
这一时期的张居正，看着朝局满心愤怒，但却无能为力。
嘉靖三十三年，张居正的同年进士杨继盛上疏揭露严嵩十大罪、五大奸。嘉靖皇帝为此大怒，认为这是“恣肆渎奏”，杨继盛在诏狱被廷杖一百。
在狱中，杨继盛创伤发作，于半夜苏醒过来，摔碎瓷碗，用手拿碎片割腐肉。肉被割尽，筋挂膜，他又用手截去。为他持灯的狱卒颤抖欲坠，杨继盛却意气自如。友人王西石托人送给杨继盛一副蛇胆，告诉他：“用此物可以止痛。”杨继盛收入袖中。一位苗姓校尉也送酒一壶，劝他：“可以此吃蚺蛇胆。”但杨继盛拒绝，曰：“椒山自有胆，何必蚺蛇哉！”
朝审时，观看杨继盛的人堵塞了道路，都非常叹息，甚至为他哭泣。后来杨继盛在西市被处斩，史载“天下共冤之”。