起源之章，顾名思义，是起源的故事。
这天的星夜，他从百忙的训练中脱身出来，看着捷拉奥拉等一众宝可梦的艰苦奋斗，深感欣慰。
几天以来的奔波劳碌让他身心俱疲，此刻放松下来更是感觉到了全身刻骨铭心的酸痛感。
“啧，我真是该好好休息一下了。”星夜捂着头瘫坐在地，多龙巴鲁托几只宝可梦也围过来看看星夜的状态。
“多吼？”
“不，我没事，只是有点累罢了……”星夜向着宝可梦解释着: “休息一会就好了。”
捷拉奥拉几只宝可梦也这么听说了，看看星夜这些天来又是去各种世界找回自己的伙伴，又是在彩虹火箭队的围攻下死里逃生，回来了还要监督他们训练，指出其中不对的地方，真是难为他了。
星夜在众宝可梦的搀扶下躺进树洞，树洞不大，却比外面要暖和些，星夜一人躺进去就基本上占满了整个树洞。
星夜在困意的侵袭下很快陷入了深度的睡眠，接下来他马上就要回到丰源的宝可梦联盟冠军之路了，如果不提起精神来怕是要被冠军之路里的宝可梦打一个措手不及了。
在梦中，原本是一片黑暗，隐隐约约，他看到了一幅幅画面。
“我这是？做梦？”星夜意识出奇的清醒，他突然想起前世有关于『清醒梦』的一些说法。
“难道我这就是这种情况吗？”不等星夜想明白这到底是什么情况，眼前的画面就开始延展。
某个宝可梦世界，关东地区，真新镇。
星夜站在这里，眼前是一个有些熟悉的建筑，这不正是宝可梦无印篇动画中出现的大木研究所吗。
“星斗，小智，你们来了啊。”此时，星夜听到一个声音，他转头看去，只见得大木博士研究所楼梯下出现三个少年。
一个是棕色的飞机头，这人正是小茂；另一个则是元气满满的，似乎全身都很有干劲，戴着一个经典的帽子，不是小智又是谁呢；至于第三个少年他惊奇的发现他是找遍脑海都找不到这人是谁。
“哎呀，你们慢慢聊吧，我这么迟到了，小火龙、妙蛙种子、杰尼龟，哪个都好，一定要有啊！”小智急得跳脚，直接冲上楼梯，而小智居然像是没看到星夜一样，径直撞了过来。
星夜来不及躲闪，可是下一秒，让他惊讶的事情再度发生了。
小智竟然是直接穿过了自己的身体，视若无睹的冲进了大木博士研究所！
“什么！？我懂了……难道我只是一个旁观者吗。”星夜经过短暂的惊讶，最后还是理清了现在到底是什么情况，这时另外两个少年也开始了自己的对话。