新朝既立，太祖以善长为太子少师，授银青荣禄大夫、上柱国之尊荣职位，使参决军国重事。
善长闻命，惶恐而拜，曰：“陛下如此厚爱，臣诚恐有负圣恩。然既受此命，臣必殚精竭虑，以佐陛下，为新朝效命。”
时太祖欲巡幸汴梁，临行之际，召善长于前，曰：“善长，朕此番巡幸，留汝守应天府。汝乃朕之股肱，新朝之重任，皆托付于汝。望汝不负朕望，守护好新朝。”
善长再拜，曰：“陛下放心，臣定当竭尽全力，不负陛下重托。”
自太祖离京，善长日夜操劳，处理政务。
应天府中，善长之身影忙碌不停。或于朝堂之上，与群臣商议国事；或于书房之内，审阅奏章；或走访民间，察百姓之疾苦。
善长面容凝重，心中忧虑新朝之稳定与发展。暗忖曰：“陛下委我以重任，我当不负所托。新朝初立，诸事繁杂，当小心谨慎，妥善处理。”
一日，善长召集群臣，商议六部官制制定之事。
善长曰：“今新朝既立，当完善官制，以利政务之推行。六部乃国之重器，当精心制定，使其各尽其职，协同合作。”
群臣皆曰：“大人所言极是。”
于是，善长与群臣反复商讨，斟酌每一个细节。善长时而倾听群臣之意见，时而提出自己之见解，时而奋笔疾书，记录要点。
历经数日，六部官制初定。
既定六部官制，善长又着手议定官民丧服及朝贺东宫之礼仪。
他遍查古籍，参考历代礼仪制度，结合新朝实际情况，精心制定。
善长曰：“礼仪者，国之大事也。丧服之制，当体现孝道与尊卑；朝贺东宫之礼，当彰显皇家威严与太子之尊。”
善长与礼官们反复商议，不断修改完善，务求尽善尽美。
而后，善长率礼官确定祭祀制度章程、宗庙建立之次序和等级。祭祀乃国之大事，
关乎祖宗之灵，社稷之安。善长亲自前往宗庙之地，考察地形，规划布局。他神情肃穆，心中充满敬畏。
善长曰：“宗庙乃国家根本，祭祀之制，当严谨庄重。次序与等级，不可有丝毫差错。”
善长与礼官们仔细研究，反复斟酌，确定了祭祀制度章程和宗庙建立之次序等级。
洪武二年，太祖诏善长监修《元史》《祖训录》《大明集礼》等典籍。
他召集天下博学之士，组成修书团队。善长曰：“吾等受命修书，当以严谨之态度，准确之史实，为后人留下珍贵之史料。”
修书过程中，善长亲自审阅每一篇文稿，提出修改意见。
与此同时，封立诸王、爵赏功臣等大小事务，亦在善长主持下顺利进行。
善长秉持公正之心，权衡各方利益，确保每一个决策都符合新朝之利益。
善长曰：“封立诸王，爵赏功臣，关乎国家稳定与团结。当慎重行事，不可偏私。”善长与群臣商议，反复斟酌，确定了封王赏功之名单。
新朝初立，善长之荣耀如日中天。他的名字传遍了整个应天府，成为人们敬仰的对象。